В 1300 году произошла катастрофа. На деньги и по плану папы Бонифация VIII во Флоренции был совершён государственный переворот. Бонифаций VIII мечтал получить контроль над Флоренцией и включить её в состав Папского государства. Воспользовавшись междоусобной борьбой во Флоренции, он пригласил в Италию Карла Валуа, брата короля Франции Филиппа IV. Он пригласил его прибыть с «миротворческими» войсками. Цель – установить во Флоренции правительство, дружественно настроенное к папской власти, то есть правительство чёрных гвельфов.
Флорентинцы из партии белых послали в Рим для переговоров делегацию из трёх человек. Один из послов был Данте. Папа заявил послам, что его совершенно не интересуют возможные уступки белых и он согласен только на беспрекословное подчинение. С таким ответом двое послов отправились обратно во Флоренцию, а Данте остался в Риме. Далее в биографии Данте пробел. Неизвестно, когда Данте покинул Рим и сумел ли побывать в родном городе до государственного переворота.
В ноябре 1301 года войска «миротворцев» вошли во Флоренцию. После того как правительство чёрных было установлено, а партия белых была запрещена, Карл Валуа покинул Флоренцию.
27 января 1302 года белых гвельфов обвинили в коррупции и в измене, а затем последовало их изгнание. Данте на тот момент во Флоренции не было. Его дом разрушили. Джемме удалось спасти часть имущества, и на её попечении остались дети. Сыновей Данте, после достижения ими 14-летнего возраста, городские власти Флоренции объявили врагами города. Им грозила публичная казнь, и они покинули Флоренцию.
Данте провёл в изгнании всю оставшуюся жизнь. Пьетро и Якопо, а также дочь Беатриче в какой-то момент приехали к отцу. Запрет на проживание во Флоренции касался и жён изгнанников. О судьбе Джеммы, как и о судьбе третьего сына Джованни, неизвестно ничего. Боккаччо в своих лекциях заметил, что Данте, покинув Флоренцию, сделал всё, чтобы никогда не встречаться с Джеммой. Боккаччо читал свои лекции через пятьдесят лет после смерти Данте. Замечание Боккаччо – единственное указание на взаимоотношения Данте с женой. (Боккаччо было чуть больше восьми лет, когда умер Данте) Так как Боккаччо относился к женщинам, мягко говоря, неприязненно, его слова подвергаются сомнению. Тем не менее, ни в одном из произведений Данте не упоминает Джемму.
Находясь в изгнании, Данте некоторое время принимал участие в попытках белых гвельфов организовать военный поход на Флоренцию. Очень скоро он разочаровался и в своих соотечественниках, и в политической борьбе. Ужасы гражданской войны и жестокости обеих сторон казались ему бессмысленными. В изгнании Данте предпочёл одиночество. Известно, что он обменивался сонетами со своим другом профессором права и поэтом Чино да Пистойа, тоже изгнанником, но чёрным гвельфом. Пока продолжалось война, два самых блестящих поэта своего времени, принадлежавших к враждовавшим партиям, посылали друг другу стихи о природе любви.