Септимий быстро понял, что взять Хатру без серьёзных усилий не удастся и решил отложить это дело на некоторое время. Армия устала и была раздражена, ей требовался отдых. Поэтому император «протрубил отбой» и увёл армию, отягощённую добычей, пленными и ранеными в Нисибис.

К этому времени в Сирию уже прибыли вексилляции ретийского и германских легионов Клавдия Галла, и три новых «Парфянских» легиона. Септимий немедленно вызвал их к себе, дав пока остальным войскам передышку. Переход новых войск к Нисибису потребовал, видимо, пары недель. За это время или за месяц инженер Приск Вифинец и легионные инженеры построили много новых метательных орудий, были подготовлены боеприпасы для них, фуражирские команды собрали достаточный запас продовольствия и корма для коней. К тому же римляне вернули под свой контроль Адиабену-Месопотамию, где Септимий решил впредь разместить легион в Зингаре и в крепости были начаты предварительные работы воинами нового легиона I Parthica Severiana. Легион разместили прямо в крепости, расширив её под свои нужды. Площадь лагеря составила средние для Востока 17 га.

Примерно, в апреле 198 года армия Септимия Севера, к которой теперь прибавились вексилляции Рейнских и Ретийского легионов, и три новых «Парфянских», вновь выступила против Хатры. В этот раз осада продолжалась 20 дней. Началась она с перестрелки метательных машин, в которой орудия Хатры вновь имели преимущество, поскольку стреляли с возвышенности. Некоторые их стрелы долетали даже до телохранителей самого императора, понятное дело, державшихся подальше от зоны поражения. Часть орудий Хатры стреляла сразу двумя стрелами, затрудняя уклонение от них. На равных с хатранскими работали только боевые машины Приска, стрелявшие дальше обычных орудий.

Продовольствие и фураж скоро стали подходить к концу и Север вынужден был отправлять продовольственные команды в пустыню, где их успешно перехватывали летучие партизанские отряды арабов. Римская конница понесла большие потери.

В армии начались болезни, вызванные плохой водой и пищей, страшной жарой и скученностью людей. По словам Геродиана, от болезней погибло больше воинов, чем пало в боях.

Наконец, команда Приска собрала штурмовые башни, щиты и тараны, и римляне начали решительный штурм крепости. Им удалось расчистить подходы и подвести машины к крепости. Атрены отчаянно защищались. В ход пошли лучники, в римлян полетели горшки с горючей смесью и жалящими насекомыми, вероятно, осами или пчёлами. Когда римские тараны пробили и разрушили участок стены, много машин с обслугой было сожжено в проходе зажигательным оружием арабов.