В декабре 1903 г. в Персию, несмотря на протесты ее правительства, была направлена карательная экспедиция.
8 марте 1904 г., через месяц после начала Русско-японской войны, русские приостановили действие инструкции, разрешавшей ее войскам входить на территорию Персии, но вскоре восстановили его «из-за продолжающегося бандитизма» на границе.
Возмущение в Тебризе и других местах, направленное первоначально против иностранцев, легко трансформировалось во вспышки насилия против национальных меньшинств. В Тебризе и других городах Азербайджана под угрозой оказались христиане. В Хамадане евреи жили в постоянном страхе за свою жизнь. По всей стране мишенью враждебности, возбуждаемой и направляемой наиболее фанатичной частью духовенства, стали бахаисты. Самые кровавые эпизоды имели место в Йезде и его окрестностях, где губернатор Махмуд-мирза Джелал од-Дойлы, сын Зела ос-Солтана, вдохновляемый видным исфаханским священником ага Неджефи, натравил на бахаистов толпу из нескольких тысяч человек. За несколько полных ужаса дней больше сотни мужчин, женщин и детей были подвергнуты пыткам и убиты, дома их разграблены и сожжены, фруктовые деревья выкорчеваны, а посевы вытоптаны.
Амин ос-Солтан признавал, что от резни в Йезде «следы вели к ага Неджефи, который и прежде пытался спровоцировать подобную резню во многих городах Персии и посылал для этой цели эмиссаров в Султанабад, Казвин и Тегеран». Он утверждал, что персидское правительство для сохранения порядка принимает военные меры. Чтобы убедить представителей Запада, что христианам ничто не угрожает, великий визирь рассказал сэру А. Гардингу о полученной шахом от четырех главных муджахидов Кербалы и Неджефа телеграмме, «осуждающей антихристианское и антиевропейское возмущение в Тебризе, но одобряющей казни бабистских (бахаистских) еретиков в Исфахане и Йезде и выражающей надежду на то, что персидское правительство будет способствовать их повторению в других городах». Амин ос-Солтан сказал, что он удовлетворен позицией, занятой клерикальными лидерами, «поскольку нападения на христианские школы и чиновников-христиан могли бы иметь более серьезные последствия, нежели бунт против бабизма». Это означало, что нападения на христиан могли привести к протестам и вмешательству европейцев; а резня нескольких сотен бахаистов не привела бы к подобным действиям и не имела значения в глазах персидского правительства.
Отставка Амина ос-Солтана произошла в сентябре и радостно приветствовалась. Четверть века старый визирь держал в своих руках громадную власть. Он разбогател, ожирел и превратился в циника. К Мозаффару эд-Дину он испытывал лишь презрение, к своей стране – слишком слабую любовь, чтобы приносить ради нее жертвы. Беспринципный, хитрый, обаятельный и эгоистичный, он вызывал страх и ненависть у тех своих соотечественников, кто видел в нем воплощение всех пороков старого режима.