Красным пришлось срочно перебрасывать силы на образовавшийся «григорьевский фронт». На их стороне действовали и анархисты — в частности бронепоезд под командованием матроса Железняка. А вот часть войск, направленных против Григорьева, стала митинговать — не следует ли присоединиться к атаману.

14-15 мая красные перешли в контрнаступление от Киева. Одессы и Полтавы, громя распыленные силы Григорьева.

Во второй половине мая от григорьевцев были очищены все взятые ими города. Можно согласиться с биографом Н. Григорьева В. Савченко в том. что «Григорьев оказался бездарным фельдфебелем, не умевшим ни спланировать военную операцию, ни предвидеть последствия своих действий и к тому же постоянно находившимся в состоянии антисемитского ража». Главная угроза григорьевского восстания заключалась в том. что к нему присоединялись состоявшие из украинцев красные части. Больше всего большевики в этот момент боялись, что «детонирует» Махно. Но Махно выступил категорически против национализма Григорьева, хотя и возложил часть ответственности за его выступление на большевиков.

Руководство советской Украины в этих условиях решило пойти на некоторые политические уступки. Было решено включить в правительство просоветские социалистические партии — боротьбистов и независимых социал-демократов. Часть земель Укрглавсахара было срочно распределена между крестьянами. Были ликвидированы уездные ЧК, ставшие главным рассадником злоупотреблений властью на местах.

Одновременно началась подготовка к разгрому «махновщины». 22 мая прибывший на Украину Троцкий по согласованию с РВС Южного фронта телеграфировал: «произвести радикальный перелом в строении и поведении войск Махно, истребовав для этого из Козлова (штаб Южного фронта — А. Ш.) необходимое число политработников и командирского состава. Если в двухнедельный срок окажется невозможным произвести этот перелом, то РВС 2-й Армии должен войти с рапортом об открытом сопротивлении Махно». 25 мая на заседании Совета рабоче-крестьянской обороны Украины под председательством X. Раковского обсуждался вопрос «Махновщина и ее ликвидация». Было решено «ликвидировать Махно» силами полка. Узнав о намерениях командования, Махно заявил, что готов сложить с себя полномочия. Но штаб махновской дивизии постановил, что дивизию следует переименовать в армию «имени батьки Махно». В ответ на этот шаг РВС Южного фронта принял решение об аресте Махно.

31 мая ВРС махновцев объявил о созыве IV съезда Советов района. Центр расценил решение о созыве нового «несанкционированного» съезда как подготовку антисоветского восстания. 3 июня командующий Южным фронтом В. Гиттис отдал приказ о начале ликвидации «махновщины».