Многими игнорируются указания Юровского и других участников захоронения на то, что два трупа сожжены и останки захоронены отдельно от остальных, чтобы ввести в заблуждение тех, кто вдруг найдет их. Нашедшему 9 трупов вместо 11 трудно будет связать находку с 11 убитыми в доме Ипатьева. Многие авторы, и даже кое-кто из специалистов в области истории и юриспруденции, верят в то, что «Записка» Юровского и воспоминания других участников захоронения Романовых — менее достоверны, чем воспоминания П. 3. Ермакова, который заявлял о полном сожжении трупов, причем всех до единого. Во всяком случае, многие полагают, что по крайней мере два недостающих трупа совершенно сожжены и захоронены еще под Коптяками, у шахты. Сторонником последней версии остается и В. Н. Соловьев, несколько лет занимавшийся расследованием этого дела¹⁷⁰. Далее дополнительно будет сказано о заведомой фальсификации Ермаковым событий цареубийства, времени и места настоящего захоронения и о мотивах этого. Существуют такие документы, которые свидетельствуют, что Ермаков прекрасно помнил о подлинных действиях над трупами и о месте их захоронения.

Многие из версий в исторической литературе обстоятельно рассматривались и отвергались. В последнее время зарождается еще одна, которая может получить широкое распространение. Она прямо относится к вопросу об Алексее и его сестре Марии, и на ней следует остановиться специально. Суть ее сводится к утверждению, что останки их захоронены вместе с другими, но глубже и до них при раскопках просто не добрались.

Так, В. В. Зайцев высказал и попытался обосновать предположение о том, что недостающие останки находятся в той же могиле, глубже, на «нижнем этаже», который тщательно замаскирован. Речь идет о «двух этажах» могилы, а также о неполном соответствии костей и т.п. В связи с последним моментом надо иметь в виду, что могила была потревожена после Великой Отечественной войны прокладчиками высоковольтного кабеля. С одного края могилы кости перемешаны и повреждены (там в 1991 г. был обнаружен кусок кабеля). При раскопе, сделанном тайно Авдониным и Рябовым еще в июне 1979 г., причем без единого специалиста, производилось не частично-поверхностное, а самое основательное вскрытие могилы с обнаружением восьми останков из девяти. Все это не могло не сказаться на состоянии скелетов, не могло не затруднить последующее их извлечение, проводившееся также не на должном научном уровне. Позднее, как уже отмечалось, Рябов признавал свои действия кощунственными и некомпетентными и участвовать в экспедиции 1991 г. отказался¹⁷¹. Так что причин для повреждения костных останков было более чем достаточно. Главные же соображения и аргументы В. В. Зайцева таковы: «...в свидетельствах Юровского нет ни одного намека, что кто-то захоронен отдельно. Вот, положим, слова о заключительной операции: "Двое-трое взялись за копание могилы, потом приступили другие, тут же рядом (!) костер. На месте сжигания (!) вырыли яму; снова зажгли большой костер. Прежде чем сложить в яму остальные трупы, облили их серной кислотой, завалили шпалами, закрыли, грузовик пустой проехал и поставили точку". И еще. В одном абзаце Юровский подчеркивает небольшую глубину могилы (девятерых нашли, примерно, на отметке один метр), а в другом оперирует почему-то цифрой в "два с половиной аршина"?!»¹⁷²