Активную роль в самообороне стали играть участники сионистского движения, в особенности Поалей Цион (см. прим. 14). Весной 1901 г. их отряды, которыми руководил Б. Борохов, сорвали попытку устроить погром в Екатеринославе (Днепропетровск): после нескольких стычек, в которых евреи одержали верх, толпы погромщиков рассеялись; то же произошло в 1903 г. в Дубоссарах. Накануне погрома в Кишиневе (апрель 1903 г.) еврейская молодежь создала группы самообороны, общее руководство которыми осуществлял Я.Бернштейн-Коган; было собрано оружие, организован штаб обороны и даже проложены телефонные линии связи между отрядами. Однако местная администрация, принявшая активное участие в организации нападений на евреев, учла опыт Екатеринослава и Дубоссар: уже в первые часы погрома полиция окружила места, где собирались бойцы самообороны; их разоружили и арестовали. Тем не менее вечером того же дня стихийно собравшаяся группа евреев пыталась, вооружившись палками, разогнать погромщиков. Войска пресекли эту попытку, после чего кровавый погром продолжался без каких-либо препятствий. Крайняя жестокость, проявленная участниками Кишиневского погрома, а также то, что еврейское население города не смогло (в том числе из-за активного противодействия властей) оказать нападавшим практически никакого сопротивления, — всё это произвело глубокое впечатление на российское еврейство.

В городах и местечках со значительным еврейским населением (главным образом в губерниях черты осёдлости — см. прим. 59) стали создаваться кружки самообороны, члены которых собирали деньги, закупали или изготавливали огнестрельное и холодное оружие, учились владеть им, формировали мобильные группы, патрулировавшие населенные пункты в случае угрозы погрома; действия таких групп координировали штабы, располагавшиеся в частных квартирах, где имелись телефоны. Многие руководители и рядовые участники вновь созданных кружков самообороны принадлежали к сионистским группировкам, особенно левой ориентации. Изменилось и отношение еврейской буржуазии к самообороне: если раньше представители имущих классов отказывались жертвовать деньги на самооборону, опасаясь, что эти средства попадут в руки революционеров, и надеясь на полицию и войска, то уже в 1903 г. и, в особенности, в 1904-1905 гг., самооборона финансировалась во многом богатыми евреями. Оружие для еврейских боевых групп в России закупали и еврейские организации других стран.

Быстрый рост самообороны встревожил власти: уже в конце апреля 1903 г. министр внутренних дел В.Плеве писал в циркуляре губернаторам: "Никакие кружки самообороны быть не должны". Участников самообороны арестовывали, конфискуя собранное ими оружие. Тем не менее, уже через несколько месяцев после Кишиневского погрома еврейская самооборона смогла приступить к активным действиям: в начале сентября 1903 г. ее отряды численностью в несколько сотен человек с оружием в руках выступили против погромщиков в Гомеле. Ядро этих отрядов, во главе которых стоял И.Ханкин, составила военизированная организация Гибборей Цион ("Герои Сиона") при местной секции Поалей Цион (см. прим. 14); самостоятельно действовала группа бундовцев (БУНД — Всеобщий союз еврейских рабочих в Литве, Польше и России — еврейская социалистическая партия в России, позже в Польше и США — см. в прим. 86). Силы самообороны имели возможность быстро подавить погром, однако прибывшие войска открыли по ним огонь, убив и ранив несколько человек. Под прикрытием солдат бесчинства продолжались, но всюду, где через армейские заслоны прорывались еврейские бойцы, они неизменно разгоняли погромщиков, нанося им потери.