Решения выносились тройкой заочно – по материалам дел, представляемых органами НКВД, а в некоторых случаях и при отсутствии каких-либо материалов – по представляемым спискам арестованных. Процедура рассмотрения дел была свободной, протоколов не велось. Характерным признаком дел, рассматриваемых тройками, было минимальное количество документов, на основании которых выносилось решение о применении репрессии. В картонной обложке с типографскими надписями «Совершенно секретно. Хранить вечно» обычно подшиты: постановление об аресте, единый протокол обыска и ареста, один или два протокола допроса арестованного, обвинительное заключение. Следом в форме таблички из трёх ячеек на пол-листа идёт решение тройки, которое обжалованию не подлежало. Как правило, заключительным документом в деле являлся акт о приведении постановления в исполнение.
Приказ НКВД № 00485 о репрессиях против поляков установил «альбомный порядок» проведения всех «национальных операций» НКВД. Обвинительные заключения на арестованных с рекомендованными мерами наказания отправлялись с мест в Москву. Далее в центральном аппарате НКВД составлялись протоколы заседаний «Комиссии НКВД СССР и прокурора Союза ССР», которые подавались на подпись Н. И. Ежову и А. Я. Вышинскому. Но в сентябре 1938 г., когда в Москве скопились данные о десятках тысяч следственных дел, во всех республиках, краях и областях для их рассмотрения были образованы «особые тройки», функционировавшие два месяца.
С 1 октября 1936 г. по 1 ноября 1938 г. органами НКВД СССР арестовано 1 565 041 человек. В том числе арестовано в порядке приказа НКВД № 00447–702 656 человек. За это время осуждено 1 336 863 человека, из которых 668 305 человек, то есть 50 %, расстреляны.
Нарком внутренних дел Белорусской ССР Б. Д. Берман на совещании руководящего состава НКВД СССР в Москве 24 января 1938 г. отметил: «Я бы считал, что если и сохранять тройки, то на очень непродолжительный период времени, максимум на месяц… Во-первых, сам по себе фронт операций стал значительнее уже, чем был в самый разгар операции в 1937 году. Во-вторых, надо большую часть нашего аппарата немедля переключить на агентурную работу. Работа с тройками – лёгкая, несложная работа, она приучает людей быстро и решительно расправляться с врагами, но жить долго с тройками – опасно. Почему? Потому, что в этих условиях… люди рассчитывают на минимальные улики и отвлекаются от основного – от агентурной работы».
Постановлением СНК СССР и ЦК ВКП(б) № П 4387 от 17.11.1938 «Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия» тройки, созданные в порядке особых приказов НКВД СССР, а также тройки при областных, краевых и республиканских управлениях РК милиции были ликвидированы.