В начале декабря 1938 г. Куприна назначают начальником управления НКВД СССР по Читинской области и начальником Особого отдела НКВД по Забайкальскому военному округу (это было последнее совмещение указанных должностей). Важно отметить, что при Куприне в 1939 г. УНКВД не произвело новых арестов, за исключением арестов сотрудников, допустивших нарушения законности. Как отмечает известный забайкальский краевед и историк спецслужб А. В. Соловьёв, под началом Куприна, как старшего оперативного начальника НКВД в Забайкалье, в этот период сотрудниками УНКВД, Особого отдела НКВД по ЗабВО и Дорожно-транспортного отдела НКВД на ж.д. имени Молотова была проделана, не прибегая к массовым репрессиям, большая работа по пресечению активной деятельности японской разведки в связи с развитием военного конфликта на Халхин-Голе.

Пожалуй, не повезло П. Т. Куприну только с некоторыми подчинёнными. После ареста бывшего начальника управления Хорхорина репрессиям подверглись и трое его ближайших подручных – замначальника УНКВД Крылов, начальники ведущих отделов Врачёв и Каменев. После ареста Крылова Москва навязала Куприну в заместители П. Н. Куцерубова, состоявшего в резерве кадров на выдвижение. Он в этот период являлся начальником горотдела НКВД г. Сковородино (район входил в состав Читинской области). Вот как в ноябре 1939 г. его характеризовали арестованные: «КУЦЕРУБОВ – организатор провокации в бывшей Зейской области, посадивший в тюрьму немалое количество невиновных партийно-советских работников этой области. Нажив себе “багаж” на провокационных делах бывшей Зейской области, он переехал работать в Читинское управление НКВД, перетащив за собой порядочную группу людей, как лучших мастеров-мордобоев. Зейские следователи особо отличались зверством с арестованными…» Только официально установлено, что лично Куцерубовым было сфабриковано более 300 дел на невиновных граждан. Проработал Куцерубов в должности зам. начальника УНКВД восемь месяцев, затем был переведён в центральный аппарат НКВД на повышение, но в январе 1940 г. арестован (в связи с расследованием смерти от избиений на допросах бывшего зам. начальника отдела УНКВД А. М. Белоногова) и этапирован из Москвы в Читу. Следствие затянулось до ноября 1941 г., когда Куцерубова освободили по состоянию здоровья. Он уехал на родину – в Воронеж, в ноябре 1942 г. ушёл на фронт, с войны вернулся домой в звании полковника. В 1957 г. прокуратура ЗабВО начала проверку деятельности Куцерубова в период репрессий в Забайкалье. Факты его палаческой роли подтвердились. Бюро Воронежского обкома КПСС 16 сентября 1959 г. исключило его из партии, в установленном порядке он был лишён воинского звания и военной пенсии. Снисходительно обошлись с палачом.