Иоанну похоронили с почестями в капелле герцогов при церкви Сан-Лоренцо, которую задумал построить Козимо I Медичи. Но работы начались уже после его смерти по заказу Франческо I, продолжились во времена правления его брата Фердинанда и всех остальных поколений герцогов Медичи, пока не умерла последняя представительница этого рода Анна Мария Луиза. Одним из архитекторов этого пантеона был Джованни Медичи, внебрачный сын Козимо I и Элеоноры Альбицци. В честь великой герцогини Иоанны Австрийской в садах Боболи была установлена монументальная аллегорическая статуя Изобилия работы скульптора Джамболонья: женская фигура с лицом Иоанны и колосьями пшеницы в поднятой правой руке находится почти в самой верхней части сада, откуда открывается великолепный вид на парк и дворец.

Флорентийцы были недовольны тем пренебрежением, которое проявил вдовец к покойной жене. Франческо Медичи и так не был популярен в народе из-за постоянного увеличения налогов, а тут еще такое явное неуважение к усопшей герцогине. Дело в том, что когда погребальная процессия проезжала мимо дворца Бьянки – она высунулась из окна, а Франческо, проезжая мимо, салютовал ей. Очевидцы так высказались об этой сцене: «Триумф Бьянки был мелочным, непристойным и отвратительным». Впоследствии герцог отверг все предлагаемые ему партии со знатными женщинами Европы, в том числе и разумные предложения своего брата Фердинанда, которые были бы мудрыми с политической точки зрения и принесли пользу герцогству. Вместо этого он через два месяца, не соблюдая срока траура, тайно обвенчался с Бьянкой Каппелло, и она переехала во дворец Питти.

Сначала, для приличия, было объявлено, что она будет гувернанткой трех принцесс, оставшихся без матери: одиннадцатилетней Элеоноры, девятилетней Анны и трехлетней Марии. Но всем и так уже было ясно, в чем дело. Вскоре Франческо I добился от дожа Венеции присвоения Бьянке титула «почетной дочери Серениссимы», что приравнивало ее к рангу принцессы в Италии. Как только закончились сроки траура после смерти Иоанны, 12 октября 1578 года состоялось торжественное официальное бракосочетание великого герцога Франческо I Медичи и Бьянки Каппелло в базилике Сан-Лоренцо. А вскоре после свадьбы герцог официально короновал супругу как великую герцогиню Тосканскую. Это вызвало большое возмущение его брата Фердинанда, многих монархов, включая Габсбургов, и знатных семейств Европы. Герцог Мантуи разорвал помолвку своего сына с дочерью Франческо Элеонорой, герцога высмеивали во всей Италии, народ Флоренции ненавидел и Бьянку, и своего правителя. Единственный выгодный момент – союз с Венецией и окончательное примирение Бьянки со своим отцом. Все родственники Каппелло и многие знатные венецианские семьи приехали во Флоренцию на ее официальное бракосочетание и коронацию, на которые были потрачены колоссальные суммы денег.