Джованни оказался очень разносторонним человеком. Он был талантливым математиком, военным и гражданским инженером, архитектором, художником, писателем, музыкантом. Он свободно владел латынью, освоил иврит, арамейский и древнегреческий языки, свободно изъяснялся на французском, испанском, немецком и английском языках. Он поступил на службу к Фердинанду I Медичи, когда тот стал великим герцогом Тосканы, и выполнял разные дипломатические поручения. Джованни отвечал за состояние фортификационных сооружений на территории великого герцогства. Он участвовал как архитектор в строительстве капеллы герцогов Медичи, нового порта Ливорно и крепости Бельведер в садах Боболи. В военной карьере Джованни дослужился до звания командира тосканской пехоты и генерала флорентийского ополчения, потом был послом Великого герцогства Тосканского в Испанском королевстве. Он сопровождал племянницу Марию Медичи во Францию и несколько лет провел там у нее на службе, где отличился как генерал артиллерии при защите замка Иф. Генрих IV хочет задержать его в Париже, но он получает приглашение Венецианской республики на должность генерала венецианских войск и едет туда. Джованни становится настолько знаменитым, что разные государства просто вырывают его друг у друга.

После долгого отсутствия на родине Джованни Медичи вернулся во Флоренцию и после смерти Фердинанда I поступил на службу к его сыну Козимо II. И вдруг в 1615 году 48-летний генерал влюбился в 25-летнюю Ливию Вернацца – женщину низкого происхождения и сомнительной репутации. К тому же она была замужем за Баттистой Гранарой с 1605 года, и не было никакой возможности развестись. Но влюбленные наплевали на все приличия и условности и начали жить вместе. Из-за этого отношения Джованни с родней испортились, и они с Ливией переехали жить в Венецию. В 1619 году у них родился внебрачный сын Джанфранческо Мария, в том же году в июле умирает муж Ливии, и она остается вдовой. Джованни Медичи и Ливия вскоре поженились, и он узаконил сына, а в 1621 году Ливия снова забеременела.

Счастье было недолгим: Джованни умер 19 июля 1521 года в возрасте 54 лет. Сразу после смерти мужа Ливия родила дочку, которая прожила всего несколько дней. Козимо II умер в тот же год, еще раньше дяди Джованни, и не узнал о его кончине. Когда об этом прослышали Кристина Лотарингская и Мария Магдалина Австрийская, они начали преследовать Ливию и хитростью выманили ее из Венеции во Флоренцию. Герцогини отправили ей приглашение, в котором обещали выплатить ей и ее сыну наследство ее мужа Джованни Медичи. Но когда Ливия приехала во Флоренцию, ее ждала ловушка. Герцогини вместо обещанного добились признания ее брака с Джованни незаконным, лишили ее всего имущества и забрали у нее сына. Саму Ливию они сначала обвинили в колдовстве и посадили в тюрьму, а потом заперли в монастыре.