К счастью, ученый смог это доказать – у него сохранилось письмо кардинала Беллармино, из которого ясно следовало, что официальной процедуры запрещения лично для Галилея в 1616 году не было. После первого допроса ученого взяли под арест и посадили в тюрьму, где он провел 18 дней. Но вскоре, по просьбе герцога Фердинанда, его перевели обратно в посольство Тосканы. Применялись ли к нему пытки – точно неизвестно, но после выхода из тюрьмы Галилей жаловался на боли в бедре. На втором допросе 30 апреля ученый признался, что увлекся из тщеславия, когда работал над книгой. Поэтому написал много лишнего и сейчас в этом раскаивается.
Фердинанд II не осмелился противоречить папе и прямо выступать против суда инквизиции – Урбан VIII посоветовал ему не вмешиваться, иначе последствия лично для герцога будут непредсказуемые и ничего хорошего ему не светит. Герцог продолжал настаивать на сохранении жизни ученому и обещал, что во Флоренции он лично будет за ним присматривать и что подобное больше не повторится. Суд длился до 21 июня, на третьем допросе не было ничего нового. Наконец, было принято окончательное решение: Галилея объявили не еретиком, но «сильно заподозренным в ереси», что тоже являлось достаточно серьезным обвинением. Ему предложили покаяться и отказаться от всех своих прежних убеждений, иначе он будет публично сожжен на костре. Галилей подтвердил, что согласен покаяться и отречься. На этот раз его не отпустили в посольство, а снова взяли под арест и отправили в тюрьму.
Из текста приговора: «Мы говорим, объявляем, приговариваем и заявляем, что ты, вышеназванный Галилео, по причинам, установленным в ходе суда и в чем ты признался, как сказано выше, оказался, согласно этой Святой инквизиции, сильно заподозренным в ереси, а именно: поддерживающим и верящим в учение, которое является ложным и которое противоречит Священному Писанию… Поэтому ты был подвергнут всем проверкам и наказаниям, предусмотренным и накладываемым священными канонами и всеми общими и частными узаконениями, направленными против правонарушителей подобного рода. Мы постановили книгу “Диалог” Галилео Галилея запретить публичным указом. Мы осуждаем тебя на тюремное заключение в этой Священной канцелярии на срок, который будет определен по нашему усмотрению».
22 июня 1633 года, после оглашения приговора, Галилей публично зачитал подготовленный заранее текст отречения и поклялся, что впредь никогда не будет ни говорить, ни рассуждать, ни устно, ни письменно, о чем бы то ни было, могущем восстановить против него подозрение в ереси. Существует известная легенда о том, что выйдя из здания суда, он пробормотал себе под нос: «И все-таки она вертится». Но доказательств этому нет, этот миф был придуман и запущен в обращение только в 1757 году журналистом Джузеппе Баретти.