Только 95 лет спустя, в 1737 году, благодаря последнему герцогу Медичи Жану Гастону прах ученого перезахоронили непосредственно в базилике Санта-Кроче. Он покоится напротив могилы Микеланджело Буонарроти, рядом со своим учеником и биографом Винченцо Вивиани, который умер в 1703 году. Над могилой великого ученого был установлен памятник XVIII века с бюстом Галилея на саркофаге. В руках у него телескоп, а внизу находятся две аллегорические фигуры: Астрономия и Геометрия. При неосторожном переносе останков ученого у него были случайно отломлены три пальца и зуб. Они не утеряны и сейчас находятся в музее Галилея, помещенные в стеклянные реликварии.

После смерти Галилео Фердинанд II Медичи с братьями продолжали лично заниматься научной деятельностью во дворце Питти. Они проводили опыты с первыми построенными термометрами, влажность воздуха измерялась конденсационным гигрометром, тяжесть или легкость жидкого предмета – ареометром. Академия деи Линдсеи была распущена после процесса над Галилеем, и в 1657 году герцог со своим братом Леопольдом Медичи открыли во Флоренции экспериментальную Академию Чименто. Ее лозунг был: «Опыт, и еще раз опыт», а эмблема – печь для плавки металлов. Результатами своих экспериментов члены академии делились в переписке со многими учеными Европы – тогда это был единственный способ обмена опытом. Незадолго до смерти Галилей завершил новую книгу: «Беседы и математические доказательства двух новых наук». Маттиас Медичи тайком доставил его рукопись в Голландию, где она была переведена на разные языки, распечатана и распространена по многим странам Европы. Он же переправил рукопись Галилея «Диалог о двух системах мира» в Северную Европу, где она тоже была переведена на разные языки и опубликована во многих странах. Так что надолго приостановить победу гелиоцентризма церковникам и папе не удалось: книга, дорого стоившая Галилею, после его смерти сразу вызвала огромный интерес в ученых кругах. Судебный процесс только усилил ее успех, и осуждение Галилея привело к резкому росту спроса на его труд. Соответственно, и стоимость книги резко возросла.

Фердинанд лично сохранил все научные инструменты Галилея, которыми тот пользовался или изобретал. Коллекция включает его телескопы, военный геометрический компас и ту самую линзу, через которую он разглядел спутники Юпитера. Все это вместе с оригиналом рукописи «Диалог о двух системах мира» находится сейчас в музее Галилея во Флоренции. Только в 1992 году, посмертно, ученого полностью оправдали и сняли с него все обвинения. Римский папа Иоанн Павел II признал, что в отношении Галилея церковь совершила ошибку. Правосудие – дело слишком долгое.