Интересно отношение Гордягина к суете университетской жизни в Казани. Он с возмущением сетует своему сибирскому корреспонденту на то, что его, известного профессора, дирекция и заведующий кафедрой отрывают от научной деятельности поручениями типа покраски столов, кураторства над студентами, работой лаборантского уровня и т. п. «Эта должность куратора, придуманная, конечно, в Петербурге, представляет собой хороший образчик столичных изобретений, от которых никому не лучше, а может быть, вовсе хуже. И хотя результаты этого кураторства весьма незначительны, времени на него, а равно, и нервов, пришлось ухлопать очень много. Выть волком приходится! И ведь что только нынче делается. Представьте себе, в Киевском политехникуме, как говорят, студенты осудили двух профессоров, им не понравившихся, со ссылкой, что не они их избирали. Публика, знаете ли!». Много А.Я. Гордягин пишет о дрязгах в университете и на кафедре, которые мешают работе и уносят остатки душевного и телесного здоровья, о невероятно высокой учебной нагрузке. Как ни прискорбно, но подобного рода университетские проблемы за минувшее столетие мало в чем изменились и в наше время: возрождалось и не раз кураторство; деятельность профессоров оценивалась с точки зрения студенчества, ленивого в немалой своей части; сохранилась, несмотря на десятилетия словесных перепалок, перегрузка преподавателей, из-за чего на научную работу уходит время, отведенное отдыху, и т.п.

А.Я. Гордягин стал для Скалозубова первым консультантом по применению микрофотографии в научных исследованиях. Он послал в Тобольск набор специальных фото-принадлежностей. Узнать, что представлял собой этот набор невозможно, но стоимость его, по-видимому, была немалой. Ученый упрекает Скалозубова в том, что губернский музей не имеет полного набора образцов почв. Он не соглашается с доводами Скалозубова, суть которых сводится к тому, что такие экспонаты малоинтересны широкой публике. Гордягин возмущается: «Разве общеполезность работы зависит оттого, интересуются ли ею болваны из какого-либо муравейника? Продуктивность работы может страдать от отсутствия к ней широкого интереса, но квалификацию сделанного это обстоятельство изменить не может. Для всякой работы лучше, если человек смотрит на нее как на свое собственное личное дело».

Во всех письмах Гордягина сквозит тоска по совместным со Скалозубовым экспедиционным делам. «Ах, как бы хотелось мне теперь повидаться с вами, поговорить и по науке, и по всякой ерунде!». Мечтает побывать в районах Тобольска и Самарово, Тары и Кокчетава, чтобы проследить, как растет ель на южной ее границе, обследовать чередование черноземов. «Представьте себе, что мы работаем в порядочном, с точки зрения ботаники, месте и живем в полное свое удовольствие. Никакой обязательной работы, не нужно все время скакать сломя голову куда глаза глядят, и сокрушаться, что из этого скакания до сих пор ничего не вышло, да и впоследствии выйдет столько же. Итак, мы живем и, разумеется, предаемся лени. Лень есть прирожденное человеческое свойство, и лишь жестокие социальные условия мешают ему проявляться в полной мере. От этого-то и происходит недовольство. А так как нам ничто не помешает лениться, то мы счастливы, мы собираем растения, фотографируем их рост. Я нынче здорово выучился фотографии. Мои коллеги называют мои снимки превосходнейшими. Ну, это, конечно, чересчур, но фотографий, в общем, много. В промежутках между съемками мы беседуем о предметах трех миров: видимого простым глазом, видимого глазом вооруженным и, наконец, вообще никаким глазом невидимого. Я прочту вам почти полный университетский курс ботаники, а в области обмена веществ могу сообщить вам многое такое, от чего вы, пожалуй, заохаете. В вас я, без сомнения, найду слушателя более усердного и более интеллигентного, чем мои университетские студенты».