Интонация переписки свидетельствует, что, несмотря на общность научных интересов, главенствующая роль в обсуждении результатов исследований принадлежала Гордягину. Он подсказывает Скалозубову направление поисков, просит прислать образцы почв из различных районов юга губернии, делает выводы и тут же призывает своего корреспондента провести их проверку. Проверка сводится только к дополнительному сбору сведений, то есть фактического материала, без какой-либо его авторской интерпретации со стороны Скалозубова («интерпретации могут меняться со временем, а опытные данные – никогда»). Словом, отношения двух естествоиспытателей сводились к типичному положению учителя (Гордягин) и ученика.

«Тобольские наблюдения продолжают занимать меня, и не будь всяких семейных несчастий, работа очень продвинулась бы вперед», – пишет Гордягин в письме от 30 ноября 1898 года. И далее: «Благодарю и целую вас за то, что прислали мне образцы почв, в которых было зарегистрировано состояние культурных растений на солонцеватой почве. Жаль, что у меня таких образцов собрано очень мало, а то можно бы, пожалуй, вывести кое-какие любопытные заключения. Однако из того, что есть, видно, что культурные растения не любят почв, в которых содержание НС1 переходит за 0,05 %. Конечно, водоснабжение играет огромную роль. С другой стороны, почему, например, в Сладковской волости богатая солью почва не отражается так сильно ни на культурной, ни на дикой растительности?».

Семейные несчастья у Гордягина были связаны с тяжелой болезнью матери. Пока она была жива, Гордягин постоянно передавал от нее привет супруге Скалозубова, которую она очень любила. В январском письме 1899 года сообщается о кончине матери. «Она была, несомненно, главной нитью, привязывающей меня к жизни. Только благодаря ее постоянному надзору за моим душевным настроением не развилась во мне ипохондрия, к которой я всегда так склонен. Со смертью мамы нервы мои стали никуда не годные. Кроме того, и глаза сильно ухудшились. По некоторым объективным признакам мне надо опасаться развития глаукомы». Из письма следует интересный обмен мнениями об участии Скалозубова с его материалами на Всемирной выставке 1900 года в Париже. Гордягин пишет: «Ваша мысль насчет устройства образцов почв для Парижской выставки мне очень нравится. Необходимо устроить их в как можно более наглядном виде. Я уже думал об изображении результатов химических анализов в виде диаграмм».

В письмах А.Я. Гордягин неоднократно поднимает вопрос о причинах различия черноземов в лесных и степных районах, на реальные отношения между лесом и степью. «Лес не селится на почвах с высоким вскипанием. Почему это так – неизвестно, и ключа к разгадке этого явления химические анализы не дают. Но сам факт, как мне кажется, сомнению подлежать не должен. Главное отличие лесных и степных черноземов лежит, возможно, в содержании углекислой извести». Весьма интересовала ученого граница лесостепи: «Скажу вам, что вопрос о степи представляется мне самым трудным во всей работе. Трудность его для меня лично возрастает еще и потому, что на севере степной полосы в Тобольской губернии я не был».