В феврале 1514 г. Полидор Вергилий решил посетить Италию. По всей видимости, во время этой поездки он заказал знаменитому переписчику Фредериго Ветерани подарочную рукопись недавно законченной «Истории Англии», которую впоследствии намеревался преподнести Генриху VIII. Впрочем, у этого путешествия, похоже, была еще одна цель: лоббирование в папской курии кандидатуры канцлера Уолси, желавшего получить кардинальскую шапку. С последней задачей Вергилий справился крайне неудачно, поскольку после возвращения в Англию он неожиданно был арестован по обвинению в поношении Уолси перед папой и интригах, в результате которых кандидатура английского канцлера была отклонена. Заключение Полидора в Тауэр вызвало всеобщее волнение. Папа Лев X, кардинал Джулио Медичи и оксфордские профессора обращались к королю с просьбами об освобождении Вергилия. В сентябре 1515 г. Уолси стал кардиналом, а на Рождество Вергилий получил свободу. И хотя он потерял право на сбор папских налогов, ему все же удалось восстановить свои бенефиции. Главный урок, извлеченный гуманистом из этой истории, заключался в том, что вплоть до конца жизни он предпочитал держаться на почтительном расстоянии от большой политики. Впоследствии, перерабатывая рукопись для очередной публикации, Полидор Вергилий смог отомстить кардиналу Уолси за нанесенные обиды, опорочив имя прелата в своем сочинении.

Ни смерть Генриха VII, ни конфликт с могущественным канцлером не отвратили Вергилия от жизни в Англии и продолжения труда над историей острова. В 1533 г. он предпринял новое путешествие на континент: на этот раз в одну из столиц книгопечатания — Базель. Именно там в 1534 г. появилось посвященное Генриху VIII первое издание «Истории Англии», охватывающей период от древнейших времен до коронации второго короля из династии Тюдоров. В 1546 г. там же вышло второе, переработанное издание этого труда, еще через девять лет, в 1555 г., благодаря благосклонности к итальянцу королевы Марии «История Англии», доведенная до 1537 г. (год рождения принца Эдуарда), была переиздана в третий раз в Англии[1542]. Поселившийся в Англии благодаря милостивому расположению Генриха VII, Полидор Вергилий провел на острове пол века, пережив не только своего покровителя, но и его сына и внука. Реформация в Англии практически не затронула этого вопреки духовному сану в целом индифферентного к религиозным вопросам итальянца. В 1536 г. он безо всякого сопротивления подписал бумагу, в которой отказывался признавать суверенитет папы и принял англиканский символ веры. В 1546 г. он ненадолго был лишен сана архидьякона, но уже в 1547 г. Эдуардом VI был полностью восстановлен во всех правах. Лишь в 1553 г., будучи уже очень старым и больным, он, отправив поздравления с восшествием на престол королеве-католичке, решил вернуться в Урбино, чтобы умереть на родине. После смерти Вергилия в 1555 г. его труды регулярно переиздавались по всей Европе, однако, несмотря на безусловную популярность и широкую известность, в Англии его репутация как историка была крайне противоречивой.