Захват папских владений и перенесение столицы в Рим привели итальянское государство к затяжному конфликту с Ватиканом. Правительство Ланца пыталось разрешить этот конфликт с помощью так называемого «Закона о гарантиях», принятого парламентом 13 мая 1871 г. Этим законом итальянское государство гарантировало неприкосновенность личности «верховного первосвященника». Папе были оставлены его дворцы — Ватиканский и Латеранский; кроме того, итальянское правительство обязалось выплачивать ему ежегодно 3225 тыс. лир. Папе была гарантирована полная свобода сношений с католическим миром и право принимать представителей иностранных государств с сохранением за ними всех привилегий дипломатических представителей.

Однако Пий IX решительно отказался от примирения с итальянским государством. Папа яростно протестовал против «нечестивого, нелепого и безумного» дела, совершенного итальянским правительством. Он предал анафеме всех тех, кто участвовал во взятии Рима. После того, как Пий IX объявил себя «узником Ватикана», вплоть до 1929 г. ни один папа не покидал пределов Ватикана. Попы и монахи долго потом продавали верующим солому из матраца, на котором якобы спал «ватиканский узник». Специальной энцикликой («Non expedit») Пий IX запретил итальянским католикам принимать участие в парламентских выборах. Это запрещение оставалось в силе вплоть до начала XX в.

Своей враждебной позицией по отношению к итальянскому государству папский престол создавал ему немало тяжелых затруднений как во внутренней, так и во внешней политике. Ватикан подстрекал верующих итальянцев к неповиновению властям и старался объединить вокруг себя все недовольные политикой государства. Однако вскоре перед лицом растущего рабочего и социалистического движения Ватикан вынужден был пойти на постепенное сближение и сотрудничество с господствующими классами Итальянского королевства.

В первые годы после объединения итальянское государство переживало тяжелый финансовый кризис. Объединение, принявшее форму «королевских завоеваний», было куплено очень тяжелой ценой. По официальным данным, в течение 1861–1871 гг. было истрачено 10 млрд, лир, из них не менее 3 млрд. — на военные нужды. Огромных средств требовало содержание сильно разбухшего государственного аппарата, армии и полиции. Тяжелым бременем ложилось на государственные финансы и интенсивное железнодорожное строительство. С 1859 по 1870 г. государственный долг Италии вырос с 570 млн. до 8300 млн. лир — почти в 15 раз. В начале 70-х годов ежегодный дефицит в бюджете доходил до 400 млн. лир.