Как и предполагалось, японский флот в море не вышел для противодействия высадке американских войск на Палау. Находившиеся в "медвежьем логове" десять подводных лодок поэтому-то и не обнаружили противника. В сентябре по сравнению с августом и октябрем число потопленных американскими подводными лодками японских судов и кораблей заметно уменьшилось. Место "медвежьего логова" в последующем менялось не раз. И хотя в сентябре лодки практически не добились успехов, своими действиями они помогали 3-му флоту решать задачи в проводимых им операциях, направленных на перенесение действий ближе к Японии.
Палау и Филиппины
С 6 по 8 сентября авиация с 16 авианосцев 3-го флота неоднократно атаковала острова Яп, Пелелиу и Улити. Затем флот, Хэлси нанес удар по аэродромам острова Минданао с целью обеспечить господство в воздухе при высадке десантов на острова Пелелиу и Моротаи. При нанесении этих ударов 8 и 9 сентября авианосная авиация не встретила почти никакого сопротивления. Вскоре Хэлси прекратил атаки Минданао и направил удар по судоходству и аэродромам центральной части Филиппин. И здесь американской авиации не было оказано почти никакого сопротивления, хотя Япония понесла значительные потери в авиации и судах. После этого одна из авианосных групп пошла на юг для прикрытия высадки десанта на остров Моротаи, а другая — на восток для прикрытия высадки десанта на остров Пелелиу. Тем временем третья авианосная группа пополняла запасы топлива и продовольствия.
Донесения разведки во время полета в море Висаян свидетельствовали о том, что гарнизон острова Лейте очень слаб. Поэтому 13 сентября Хэлси направил Нимицу донесение, в котором предлагал высадку десантов на острова Яп, Пелелиу, Моротаи и Минданао отменить, но зато провести десантную операцию силами Макартура и Нимица на остров Лейте, минуя все сильно укрепленные японские позиции. Нимиц переслал это донесение Макартуру и в Вашингтон. Макартур с предложением Хэлси согласился, но потребовал провести запланированную высадку десанта на остров Моротаи, чтобы обеспечить 5-му воздушному флоту базу для действий против острова Лейте, Нимиц также согласился с предложением Хэлси, но вместе с тем решил продолжать запланированные действия против Палау с целью создания своим силам базы для наступления на Филиппины. Объединенный англо-американский комитет начальников штабов, заседавший в это время в Квебеке, согласился с предложением о высадке десанта на Лейте и назначил ее на 20 октября. Высадка десантов на острова Яп и Минданао была отменена.