Как и планировалось, высадку десантов на Моротаи и Пелелиу произвели 15 сентября. Остров Пелелиу оказался твердым орешком. Выбить противника из оборонительных сооружений даже после захвата аэродрома было нелегко. В то же время острова Улити были заняты без сопротивления 23 сентября, и силы обслуживания немедленно приступили к передислокации туда своей передовой базы.

Слабое сопротивление японцев в районе моря Виса-ян позволило Хэлси несколько изменить и расширить план операции. Чтобы прикрыть лодками свой северный фланг, Хэлси передвинул "медвежье логово" на широту Формозы. 21 сентября самолеты авианосного оперативного соединения Хэлси нанесли удар по острову Лусон. Манила была захвачена врасплох. Гавань оказалась забитой судами, задержавшимися в ожидании кораблей охранения. Авианосная авиация нанесла по ним несколько массированных ударов. Шедшие в Манилу японские суда укрылись в заливе Корон (острова Каламиан), но и здесь, за 350 миль от Манилы, их атаковала авиация флота Хэлси. Японское судоходство на подходах к Филиппинам оказалось под ударами американской авианосной авиации. В сентябре она уничтожила 95 японских судов. За это же время американские лодки потопили 55 судов противника.

Японские подводные лодки

В июле адмирал Мива отозвал 6-ой флот. Японские подводные лодки активности не проявляли. Они участвовали только в перевозках. Лишь к сентябрю они были готовы активно участвовать в боевых действиях на море. Морской генеральный штаб Японии ввел в действие план "Сё", заменивший гибельный план "А-Гоу". "Сё-1" являлся планом обороны против вторжения на Филиппины, "Сё-2" — планом обороны против вторжения на острова Кюсю, Нансэй или Тайвань. Каждый из этих планов требовал решительных действий надводных, воздушных и подводных сил флота. В случае вторжения противника на острова Палау или остров Хальмахера японские подводные лодки должны были оказать ему противодействие совместно с местными оборонительными силами без помощи со стороны сил флота. В распоряжении Мивы имелось около 30 подводных лодок. Кроме того, несколько лодок находилось в постройке, а устаревшие лодки использовались для обучения экипажей. Четыре лодки находились на боевом патрулировании в Индийском океане, недалеко от Пенанга. О подробностях действий этих подводных лодок почти ничего не известно. Несколько подводных лодок типа "I" находилось на военных верфях, где они приспосабливались для несения оружия, предполагавшего применение тактики "Камикадзе", то есть использования смертников. Шесть лодок использовались в транспортных целях.