После смерти Александра, в 323 г. до н. э., город вошел в состав государства, созданного одним из «диадохов», Селевком Никатором, телохранителем и полководцем Александра. В целом «селевкидская» глава истории была весьма благоприятной для города. Магнесия значительно расширилась и стала одним из очень важных политических и экономических центров не только Ионии, но всей Малой Азии. Эта глава завершилась в 189 г. до н. э. после того, как войско селевкидского царя Антиоха III было полностью разгромлено римлянами в сражении, получившем в истории название «битва при Магнесии». Но произошла она не у Магнесии-на Меандре, а у Магнесии-у-Сипила (находится неподалеку от нынешнего турецкого города Маниса). Интересно, что в это время военным советником Антиоха был знаменитый карфагенский полководец Ганнибал. Правда, в сражении при Магнесии он не участвовал. Если верить некоторым античным авторам, несмотря на всегда горевшую в нем ненависть к Риму и готовность помогать любым его врагам, проинспектировав за несколько месяцев до сражения армию Антиоха, он оценил ее очень низко. Как пишет один из античных авторов, Антиох, показав ему войска, похвастался — «Видел мою армию? На нее затрачены очень большие средства!». На что Ганнибал, усмехнувшись, сказал: «Да, римлянам достанется богатая добыча». В изложении другого античного автора, разговор звучал так. Антиох Ганнибалу после демонстрации своего войска: «Как думаешь, для римлян этого хватит (подразумевалось — для победы над ними)»? Ганнибал: «Думаю, что да, хотя они и очень жадные».

Одним из условий мирного договора между Римом и Антиохом была выдача Риму Ганнибала. Так что ему пришлось возобновить свои скитания по государствам, существовавшим на территории нынешней Турции. Как и где они закончились, я описал в главе об Ассе.

Победившие римляне передали Магнесию под контроль Пергамского царства, которое выступило их союзником в войне с Антиохом. После смерти, в 133 г. до н. э., последнего пергамского царя Аттала III, Магнесия стала частью Римской империи. На судьбе города это отразилось очень положительно. Находясь под защитой могущественной мировой империи, город активно развивался и богател. Местные жители не совершили ошибки Эфеса и в войне между Римом и Понтийским царством без колебаний поддержали Рим. После разгрома войск понтийцев римский полководец Сулла даровал Магнесии статус внутреннего самоуправления.

Город продолжал успешно развиваться еще несколько столетий, сохранял свое значение и в Византийской империи. Однако затем он стал жертвой переменчивого Меандра: русло реки в очередной раз вновь изменилось, воды поднялись, подтопили стены и значительную часть городских строений, превратив окрестные поля в болота, кишевшие комарами. Набеги готов, арабов, а затем турок-сельджуков положили конец истории города.