В 262 г. город был разграблен и сожжён готами вместе с соседними Эфесом и Приеной.
В 620-е гг. для защиты от угрозы нападения персов город был окружен оборонительной стеной. Большие фрагменты этой стены стоят в настоящее время вдоль автомобильной дороги Ортаклар — Сёке, которая проходит посредине территории античного города. После 1308 г. земли города вошли в состав османского бейлика Айдыногуллары, но в результате частых наводнений реки и заболачивания это место вскоре было заброшено совсем.
Новое открытие города произошло лишь в 19 в. Главной причиной интереса к нему стали поиски остатков храма Артемиды Левкофрены. Это сооружение было широко известно в античном мире. Хорошо знакомый историкам древнегреческий путешественник Страбон считал, что этот храм превосходил гармонией своей архитектуры даже храм Артемиды Эфесской.
Расположение руин города, полностью покрытых к тому времени многометровыми отложениями, определил в 1824 г. путешествовавший в этих местах английский дипломат, топограф, антиквар и писатель Уильям Лик. Зимой 1842-43 гг. на руинах Магнесии работала группа французских археологов. На дне большого болота, находившегося в центре остатков города, они обнаружили руины храма Артемиды Левкофрены и вывезли в Париж 40 метров его фриза, много других фрагментов его архитектуры. Для правителей Османской империи все это не имело какой-либо ценности. Обнаруженные на месте храма находки заняли целый зал в Лувре. Наглядное подтверждение того, какого уровня достигли архитектура и искусство в этом городе. И того, что место, где эти культурные сокровища находились, заслуживает посещения.
В начале 1890-х гг. небольшие раскопки провел в Магнесии уже неоднократно упоминавшийся мною немецкий археолог Карл Хуманн, открыватель Пергама. С разрешения властей он отправил в Берлин большие фрагменты храма Зевса Сосиполиса, которые стали одними из главных экспонатов Пергамского музея.
В самом конце 19 в. здесь побывал Осман Хамди, турецкий интеллектуал, знаток искусства, директор Османского имперского музея в Стамбуле, который забрал в музей 20-метровый фрагмент фриза этого храма. Сегодня этот фрагмент можно увидеть в Археологическом музее. Этот музей я очень рекомендую тем, кто планирует посетить Стамбул.
После этого в изучении города наступила длинная пауза. И лишь в 1980-е гг. Магнесия стала объектом регулярного изучения турецких археологов из Университета Анкары в сотрудничестве с западными специалистами.