С трудом шел сбор средств на строительство костела, необходимо было 34 тыс. руб., а к 1900 г. удалось собрать только 17 тыс. К тому же католики Тюмени, Кургана и Ишима собирали деньги на строительство молитвенных домов в своих городах. Часть прихожан Тюкалинского, Ишимского и Тарского округов были включены в состав Омского прихода. Таким образом, пожертвования поступали только из Тобольского, Туринского, Ялуторовского и части Тюменского округа. Ксендз Пшесмыцкий и группа прихожан из 30 чел. обратились к митрополиту с просьбой организовать сбор пожертвований на территории всей Российской империи. Сбор пожертвований на постройку костела в Тобольске, организованный в 1901–1902 гг., дал ничтожные результаты. Наибольшее пожертвование на строительство костела в размере 3000 руб. внесла 17 декабря 1901 г. Анжелика Поклевская-Козелл[2511]. По сметам, составленным 10 декабря 1902 г., на уже произведенные работы по постройке костела было истрачено 32 217 руб. 31 коп. На достройку требовалось 13 989 руб. 54 коп.[2512]

Могилевская консистория в январе 1904 г. сообщала курату Омского костела о разрешении сбора в пределах епархии пожертвований на постройку костела в Тобольске. Могилевский архиепископ предлагал организовать сбор пожертвований по праздничным и воскресным дням[2513].

Количество католических священников в Тобольской губернии было небольшим. В 1901 г. в губернии было 6 католических священников и 3 монахини. Из них два священника работали в Тобольске и четыре в Тюменском уезде, там же находились сестры-монахини[2514]. В 1902 г. Тобольский католический приход охватывал всю губернию. На тот момент в приходе насчитывалось 6 тыс. верующих, и кроме костела в Тобольске, имелись часовни в Тюмени, Ишиме и в деревне Гриневичи[2515]. По данным В. Масяржа, в 1902 г. 400 католиков проживали в Тобольске, 600 – в Кургане и Курганском уезде, 400 – в Тюмени, 105 – в Таре. В четырех поселках Тарского округа: Гриневичах, Воровском, Чаулинском и Николаевском – проживали 530 католиков, в поселках Петропавловский и Андреевский Тарского округа, в Ишимском и Туринском округах – около 300, в городе Туринске – 100, в поселках Погореловский и Королевский Туринского округа – около 200. В сумме это составляло около 3 тыс. прихожан Тобольского прихода, и по сравнению с предыдущими годами их количество уменьшилось на 60 %[2516].

В 1905 г. власти выделили Тобольскому католическому приходу участок казенной земли в 100 десятин, данный участок был сразу сдан в аренду, чтобы получаемый доход направить на строительство костела[2517]. 7 сентября 1907 г. губернский инженер Гендель в присутствии курата Пшесмыцкого и членов строительного комитета произвел осмотр здания построенного храма. Изнутри здание было оштукатурено и побелено. В акте приемки здания отмечалось, что «храм признан вполне соответствующим своему назначению и потому к его освящению и совершению богослужений препятствий нет»[2518]. Внутренняя отделка храма была не закончена из-за недостатка средств, был устроен только главный алтарь. Не было двух боковых алтарей, амвона и органа. Курат Пшесмыцкий обращался за помощью к прихожанам. 8 сентября, в праздник Рождества Богородицы, Пшесмыцкий торжественно благословил новый костел в Тобольске, строительство которого было завершено[2519].