В годы гражданской войны занимался организацией экономики, снабжением Красной армии. Будучи одним из создателей системы «военного коммунизма», он не стал её активным приверженцем. В своих работах военного периода Рыков, как отмечает современный исследователь его государственной деятельности, «предстаёт перед нами скорее практиком, внимательно присматривающимся к окружающей действительности, не впадающим в крайности, готовым к компромиссу…». После смерти Ленина Рыков сменил его на посту председателя Совнаркома. Возглавляя правительство, Рыков, объективно, в силу занимаемой должности, обладал значительной властью, держал в своих руках важнейшие механизмы управления страной. При всём желании Политбюро и Сталин не могли полностью контролировать деятельность СНК, тем более, что по сложившейся в 20-е годы традиции правительственные органы обладали значительной самостоятельностью. Определённую роль играло и то обстоятельство, что Рыков по национальности был русским, выходцем из крестьянской семьи, и в силу этого куда больше подходил на роль лидера крестьянской России, чем Сталин и его закавказские соратники. <…> Несмотря на политическое поражение, Рыков старался вести себя осмотрительно, но с достоинством. Осуждая свои прошлые ошибки в выступлениях на различных партийных собраниях (например, на XVI съезде партии), он пытался не переступить определённой грани, сохранить политическое лицо. Окружённый многочисленными «комиссарами» Сталина, он старался поддерживать с ними хорошие отношения. Испытывая растущий нажим со стороны аппарата ЦК партии, находившегося под полным контролем Сталина, Рыков не доводил дело до конфликтов, но при каждом удобном случае проявлял характер, отстаивал свои права главы правительства [ХЛЕВНЮК. С. 7].

Летом 1922 года в Москве начался судебный процесс над правыми эсерами, которым было предъявлено обвинение в причастности к попыткам покушения на В. И. Ленина, Л. Д. Троцкого, Г. Е. Зиновьева и др.

К процессу 1922 года привлечены были деятели революционного движения с безупречным прошлым, долгие годы проведшие в дореволюционных тюрьмах и на каторге, где они сталкивались с теми, кому на суде отведена была роль обвинения. Обвинению в судебном разбирательстве предшествовало длительное пребывание (с 1920 г.) лидеров партии социалистов-революционеров в тюрьме, без предъявления соответствующего обвинения. Извещение о суде было всеми без различия партийной принадлежности воспринято как предупреждение о неминуемой казни старых революционеров и как предвестие нового этапа в ликвидации социалистического движения. Это, в свою очередь, совпало с международным признанием Советской России, переговорами в Генуе и намеченным на апрель 1922 г. в Берлине совместным конгрессом трёх Интернационалов — всех течений социал-демократии Европы. Во главе общественной борьбы против предстоящей расправы над эсерами оказались лидеры меньшевистской партии, находящиеся в эмиграции в Берлине, — во главе с Ю. О. Мартовым, с первых дней Октябрьской революции последовательно выступавшие против террора и требовавшие отказа от смертной казни [ФЛЕЙШМАН. с. 341].