Договор был вскоре подписан. Кавалеры предоставляли Франции господство над Мальтой и зависевшими от нее островами; взамен Франция обещала свое заступничество на Раштаттском конгрессе, чтоб выхлопотать гроссмейстеру княжество в Германии, а в случае неудачи обещала ему пожизненный пенсион в 300 тысяч франков и единовременное вознаграждение в 600 тысяч звонкой монетой. Каждому кавалеру французского происхождения обязывались платить 700 франков пенсиона, а старикам, перешедшим за шестидесятилетний рубеж, – 1000 франков; Франция обещала свое посредничество в том, чтобы кавалеры других национальностей могли пользоваться своими имуществами у себя на родине. Таковы были условия, на которых Франция вступила в обладание первым портом Средиземного моря и одним из наиболее сильных укрепленных пунктов. Нужно было всё обаяние Бонапарта, чтобы завладеть им без боя; вся его смелость, чтобы потерять перед ним несколько дней, имея за спиной преследовавших его англичан.

Осматривая укрепления, расположению которых он удивлялся, Каффарелли дю Фальга, столь же остроумный, сколь и храбрый, выразился следующим образом: «Мы весьма счастливы, что нашелся в крепости некто, чтобы отпереть нам ворота».

Бонапарт оставил на Мальте Вобуа с тремя тысячами гарнизона и Реньо де Сен-Жан-д’Анжели в качестве гражданского комиссара. Он сделал все необходимые распоряжения для учреждения на острове муниципального управления и немедля поставил паруса, чтобы плыть к берегам Египта.

Эскадра подняла якорь 19 июня (1 мессидора), после десятидневной остановки. Теперь главным было уйти от англичан. Починив свои корабли на острове Сан-Пьетро, Нельсон получил от лорда Сент-Винсента подкрепление в 10 линейных кораблей и несколько фрегатов, так что теперь его эскадра состояла из 13 высокобортных кораблей и нескольких кораблей меньших размеров. Первого июня (13 прериаля) он возвратился к Тулону, но не нашел там французской эскадры: она уже двенадцать дней как вышла оттуда. От Тулона он отправился к рейду Таламоне, оттуда – в Неаполь; он прибыл туда в то самое время, когда Бонапарт оставлял Мальту. Узнав, что французы появились в виду Мальты, Нельсон последовал за ними, предполагая атаковать, если удастся их настигнуть.

Французская эскадра была готова к сражению. Возможность встретить англичан представлялась всякому и не пугала никого. На каждом линейном корабле Бонапарт распределил по пять сотен отборных людей, которых ежедневно обучали приемам при орудиях; во главе их стояли генералы, которые в высшей степени свыклись уже с огнем, состоя под начальством Бонапарта. Он принял за основание своей морской тактики следующий план: каждый корабль должен преследовать лишь одну цель, завязать бой с неприятельским кораблем, поддерживать бой лишь против него одного и затем стараться сойтись с ним на абордаж. Для исполнения этого были отданы соответствующие распоряжения; Бонапарт рассчитывал на испытанную храбрость отборных войск, размещенных по кораблям. Этот человек, который, по нелепым отзывам клеветников, боялся случайностей морского перехода, напротив, спокойно, среди судов английского флота, вверялся своей фортуне.