Бонапарт устроил диван из шейхов и горожан благородного происхождения, дабы советоваться с ним о мерах, которые предстояло принимать французским властям. Он оставил в Александрии гарнизон в три тысячи человек и поручил командование им Клеберу, которого его рана обрекла на бездействие на месяц или на два. Затем Бонапарт поручил молодому офицеру редких способностей, обещавшему Франции великого инженера, привести Александрию в оборонительное положение и произвести для того все необходимые работы. Этот полковник с небольшими издержками и в непродолжительное время выполнил великолепную работу.

Затем Бонапарт дал приказ обеспечить флот. Следовало узнать, могут ли большие корабли входить в Александрийский порт. Комиссии поручили сделать в нем зондировку и представить доклад о результатах. В ожидании же такового флот поставили на якорь в Абукире. Бонапарт приказал Брюэ, если будет признано, что корабли не могут войти в Александрию, скорее устроить это дело и отправляться на Корфу.

Озаботившись всем вышесказанным, он отдал необходимые для похода распоряжения. Значительная флотилия с продовольствием, артиллерией, снарядами и багажом должна была следовать вдоль берегов до Розетского устья, там войти в Нил и подняться вверх одновременно с французской армией. Сам Бонапарт выступил с главными силами, которые, за оставлением гарнизонов на Мальте и в Александрии, доходили до 30 тысяч человек. Он приказал флотилии подняться по берегу Нила на высоту Романие. Там он предполагал соединиться с ней и идти вверх по Нилу параллельно течению, выйдя таким путем из Дельты в Средний Египет. Из Александрии в Романие вели две дороги: одна по населенным местностям вдоль моря и Нила, другая – прямая, более короткая, вела через пустыню Даманхур. Бонапарт не колебался и избрал кратчайшую. Ему важно было скорее прибыть к Каиру. Дезе шел впереди с авангардом, за ним в нескольких лье следовали главные силы. В поход выступили 6 июля (18 мессидора).

Когда солдаты вступили на эту безграничную равнину пересыпавшихся под ногами песков, со знойным небом над головами, где взор только изредка встречал несколько пальм и кучки арабских всадников, появлявшихся и исчезавших там и сям на горизонте, – их охватила печаль. После долгих и упорных итальянских походов они уже чувствовали потребность в отдыхе. Безгранично веря своему генералу, они последовали за ним в далекую страну, так как им обещали землю обетованную, откуда каждый должен был вернуться настолько богатым, чтобы купить шесть акров земли. Когда же они увидели эту пустыню, в них проснулось раздражение, которое доходило даже до отчаяния. Все колодцы, выкопанные вдоль дороги на известном расстоянии один от другого, были уничтожены арабами. В них едва оставалось немного грязной воды, которой было недостаточно для утоления жажды. Солдатам объявили, что в Даманхуре они найдут облегчение; но они нашли там только жалкие хижины, где невозможно было достать ни хлеба, ни вина, но только немного воды и чечевицу в изобилии. Нужно было опять углубляться в пустыню.