Мирза Али-хан прибыл в Маскат в сентябре 1798 г., и 12 октября оманско-британское соглашение было подписано. Согласно этому документу Оман обязался во всех возникавших тогда в том районе мира межгосударственных спорах Англии с Францией «держать сторону Англии». Подтверждал готовность всячески содействовать английскому флоту и не допускать французов на свою территорию: не предоставлять им никаких льгот и преференций, не дозволять французским судам входить во все контролируемые Оманом порты, а также иметь в Маскате угольную станцию. Содержалось в нем и разрешение Омана на открытие англичанами торговой фактории в Бендер-Аббасе, контролируемом тогда Оманом, с правом на размещение там отряда вооруженной охраны, численностью до 800 сипаев. Учредить такую факторию англичане хотели в Маскате, но основать ее Султан ибн Ахмад разрешил им в Бендер-Аббасе.

Тогда же Султан ибн Ахмад, столкнувшийся с участившимися набегами на Оман ваххабитов, высказал готовность принять у себя в Маскате английского офицера в качестве постоянного представителя Английской Ост-Индской компании и его, Султана ибн Ахмада, военного советника.

Заключив это соглашение, Султан ибн Ахмад стал первым аравийским правителем, вступившим в политические отношения с Англией.

В следующем, 1799 г. Султан ибн Ахмад был занят внутренними делами: урегулированием острых межплеменных раздоров и пресечением мятежей, учиненных двумя крупными нелояльными ему племенами, – бану дуру в Эль-Шаркийе и ал-на’им в Эль-Захире. Племя бану дуру совершало разорительные набеги на Эль-Батину и Султану ибн Ахмаду удалось их пресечь. Другое племя гафиритов, бану на’им, объединившись с несколькими северными племенами, в том числе с бану йас из Абу-Даби, предприняло поход на Сухар. Совместными усилиями Кайс и Султан ибн Ахмад смогли остановить и разбить ополчение северян на пути к Сухару. Племена земель Аш-Шамал (нынешние ОАЭ) считали себя независимыми от Омана. Хотели завладеть крупным и удобным портом у входа в Персидский залив, лучшим из которых, на их взгляд, являлся Сухар. Воспользовавшись победой, одержанной над северянами, Султан ибн Ахмад двинулся на Диббу, что севернее Хор Факкана, в одном дне пути от Ра’с-эль-Хаймы. Диббу занял и отдал ее в управление Кайсу. С учетом всего происшедшего возвел в Эль-Батине, в вади Фулайдж, новую крепость, служившую ему и защитным бастионом от набегов северян, и плацдармом для организации против них карательных экспедиций.

В том же году (весной 1799) Султан ибн Ахмад предпринял военный поход на Бахрейн. Дело в том, что подпадание Бахрейна под власть одной из ветвей племени бану ‘утуб во главе с родом Аль Халифа вызвало злобу и зависть у многих других ключевых участников морской торговли края. Сразу же оскалили зубы давно ощетинившиеся против него шейхи арабских племенных уделов на Персидском побережье Залива. Нахмурились и косо стали поглядывать в его сторону вожди племенного союза ал-кавасим, конкуренты бану ‘утуб в «морском извозе» товаров из Индии. Зачесались руки в отношении Бахрейна и у претендовавшего на него, и даже некогда владевшего им Маската. Поводом для начала этой кампании послужил отказ правящего на Бахрейне семейства Аль Халифа платить специальный сбор Оману за проход торговых судов Бахрейна через контролируемый Оманом Ормузский пролив (в размере 2,5% со стоимости перевозимого товара). Цель набега заключалась в том, чтобы «отобрать» богатый и знатный Бахрейн у рода Аль Халифа и помешать дальнейшему «возвышению ‘утубов» в системе торговли края. Флотилия, выступившая в поход под командованием Султана ибн Ахмада, состояла из его фрегата «Ганджава», трех боевых кораблей и 60 парусников типа бугало. По пути на Бахрейн оманская флотилия захватила три шедших из Индии крупнотоннажных бахрейнских торговых судна с товарами, .