Новые конфессиональные границы европейского христианского мира еще не стали стабильными, они были еще нечетки и подвижны. Относительная определенность была достигнута лишь после окончания Тридцатилетней войны и подписания системы Вестфальских мирных договоров 1648 г.

Религиозные аспекты Вестфальского мира обсуждались в Оснабрюке, где в 1648 г. был подписан договор, имевший большое значение для дальнейших судеб христианских церквей не только в Германии, но и в Европе. Этим документом была провозглашена общая религиозная амнистия и реституция (возвращение) секуляризованного церковного имущества участвовавших в войне стран на состояние 1618 г. Соответственно восстанавливались и церковные владения противоборствовавших сторон. Были подтверждены решения Аугсбургского религиозного мира, которыми было дано юридическое право на существование лютеранской конфессии. Вестфальский мир официально закрепил право на существование еще одной протестантской конфессии — кальвинистской, или реформатской.

Система Вестфальских договоров гарантировала всем подданным империи возможность сохранять и исповедовать свою веру. Если правитель переходил из одного вероисповедания в другое, он имел право ввести его при своем дворе, а также разрешить новое богослужение перешедшим вместе с ним в новую конфессию христианским общинам. Однако правитель должен был оставить неприкосновенным церковное устройство страны в целом.

Эти новшества вызывали недовольство у римских пап, глав некоторых католических государств и представителей католической иерархии. Папа Иннокентий X (1644–1655) выступил с протестом и осуждением религиозных аспектов Вестфальского договора. В посвященной этому булле «Zelo domus dei» он объявил договор «недействительным и ничтожным», но никаких политических последствий этот демарш папы не имел.

Оценка роли и места католической церкви в Европе должна быть далеко не однозначной. Кризисные явления и утрата католицизмом своих позиций были лишь одной из сторон вопроса. Одновременно велась огромная работа по обновлению различных сфер церковной жизни, претерпевавшей период качественных изменений. Католицизм оборонялся при помощи католической реформы и Контрреформации. Религия, политика и экономика были здесь настолько тесно и сложно переплетены, что разделить их иногда просто невозможно. Католицизм использовал в ходе Контрреформации такие методы, как инквизиция, ужесточение цензуры и публикация «Индекса запрещенных книг», апелляция к светским католическим правителям, издание апологетических трудов, совершенствование методов пропаганды. Бесспорным лидером и движущей силой Контрреформации стал созданный в 1540 г. орден иезуитов. Одним из аспектов Контрреформации была миссионерская деятельность католиков за пределами европейского континента. С этой целью в 1622 г. была создана Конгрегация пропаганды веры. Это «министерство по делам миссий» с самого начала планировало свою деятельность в масштабах всего мира.