Новая гроза разразилась над иезуитами уже во Франции в 1760 г. Против иезуитов объединились все, кто выступал за ограничение власти папы и видел в них основную опору папства. Предлогом стало дело иезуита Лавалетта, владельца большого торгового дома на Мартинике. Он оказался разорен, объявил о банкротстве и неспособности выплатить задолженность в 3 млн ливров. Кредиторы, марсельские купцы, подали в суд, предъявив претензии непосредственно ордену. Орден, исключив отца Лавалетта из своих рядов, отказался брать долг на себя. Но иезуиты проиграли судебный процесс сначала в Марселе, а затем в Париже. Судебное разбирательство накалило страсти — общественность Франции с радостью и злорадством встретила приговор.

Вскоре началось еще одно судебное разбирательство — иезуитов обвинили в том, что их внутренние правила противоречат законам Франции, что в своих трудах и в учебных заведениях они распространяют пагубные для Франции идеи. В 1761 г. некоторые книги иезуитов были запрещены, французским подданным запретили вступать в орден, а самим иезуитам — вести преподавательскую деятельность. Однако король приостановил вступление в силу этого приговора на один год.

Попытки иезуитов и их сторонников использовать передышку были безуспешны. В 1762 г. в Руане вынесли первый приговор об упразднении ордена иезуитов: их обвинили в пропаганде извращенной морали и доктрины, в том, что они создают государство в государстве. Другие провинциальные парламенты высказались менее радикально — орден был запрещен не везде. Окончательное решение было за королевским советом. Людовик XV долго колебался, нов 1764 г. подписал эдикт о запрете «Общества Иисуса» во Франции. После этого конгрегация иезуитов во Франции распалась, хотя они и не были высланы из страны. Иезуитам было разрешено вести ограниченную проповедническую деятельность под надзором местного епископа галликанской церкви.

После того как орден потерял французскую и португальскую ветви, папа Климент XIII в булле «Apostolicum pescendi» от 1765 г. дал обществу новую апробацию и попытался опровергнуть выдвигавшиеся против иезуитов обвинения. Стремление папы спасти орден успеха не имело. Против «Общества Иисуса» выступила даже католическая Испания, где Карл III ограничил сферу активности иезуитов как в самой стране, так и в ее американских колониях. Они были смещены с высоких должностей, а два года спустя, в 1767 г., все иезуиты были арестованы и депортированы в Папскую область. Уже затем был издан ордонанс о запрете ордена. Аналогичные действия были предприняты в Неаполе сыном Карла III Фердинандом IV. В 1768 г. под предлогом столкновения с папским престолом из-за предпринятых церковных реформ герцог Пармский, внук Людовика XV и племянник испанского короля Карла III, изгнал орден из своих владений.