Новый лидер янсенистов, ораторианец П. Кенель, в 1693 г. выпустил «Новый завет с моральными размышлениями», который не вызвал негативной реакции ни в Риме, ни в Париже. Однако после выхода в свет в начале XVIII в. его следующей книги «Одна проблема совести», в которой он выразил сомнение в априорной непогрешимости любого решении церкви для каждого конкретного случая, разразился скандал. Позицию Кенеля поддержали доктора Сорбонны, часть французского епископата и парламентарии. Ни увещевании, ни угрозы не помогали, и Людовик XIV обратился за помощью к римскому папе. По просьбе короля папа Климент XI (1700–1721) издал в 1705 г. буллу, в которой осуждались тезисы Кенеля о приоритете права совести верующего. Однако булла вызвала возражения у части французского епископата, которая отказалась ее принимать. Тогда Людовик XIV начал прямые репрессии против янсенистов. Часть епископов и богословов заставили отказаться от своей позиции, наиболее строптивых отправили в тюрьмы, отстранили от занимаемых мест. Монастырь Пор-Рояль был расформирован, и по указу короля в 1709 г. сами его здания были разрушены. Поскольку часть французских янсенистов нашла убежище в Нидерландах, то их стали представлять политическими противниками Франции.
Тем временем иезуиты отыскали янсенистскую крамолу и в первой книге Кенеля, и по их ходатайству папа передал ее на рассмотрение специальной комиссии. Итогом этого стала булла Климента XI «Unigenitus», опубликованная в 1713 г. В этой булле папа осудил все теологические тезисы Кенеля. Одновременно были осуждены призывы янсенистов вернуться к раннехристианской церкви и предоставить всем христианам право самостоятельно читать и толковать Библию.
Однако и эта папская булла не была безоговорочно принята французским епископатом. Часть духовенства потребовала для решения этого вопроса созвать вселенский собор. Французский клир разделился на тех, кто подчинился церковной дисциплине и принял буллу, и тех, кто ее не принимал и требовал созыва собора. В 1718 г. новой буллой папа осудил сторонников созыва собора и под угрозой отлучения вновь потребовал признать буллу «Unigenitus». Попытки разрешить вопрос с помощью репрессивных мер со стороны королевской власти и церковной иерархии не могли утихомирить страсти. В правление Людовика XV были найдены компромиссные решения. К середине XVIII в. и сам янсенизм начал вырождаться, однако янсенистские споры продолжались (постепенно затухая) до конца XVIII в.
В Нидерландах янсенизм привел к расколу церкви. После Реформации, уничтожившей большинство католических епархий, голландская церковь управлялась апостолическим викарием с резиденцией в Утрехте, который благодаря этому сохранил ранг архиепископства. В начале XVIII в. апостолический викарий перешел на позиции янсенистов и официально заявил об их поддержке. Папа низложил его, но голландский епископат отказывался принимать новых назначавшихся папой апостолических викариев. Генеральные Штаты, враждебно настроенные к папскому престолу, поддерживали голландское янсенистское духовенство. Кафедра оставалась вакантной 20 лет, а в 1723 г. голландский епископат сам назначил архиепископа Утрехта. Рим не одобрил этот выбор, как не одобрил и следующего избранника. Но голландский клир оставался на позициях янсенизма. В 1763 г. был проведен национальный собор: утрехтская церковь признала верховенство папы, осудила некоторые тезисы янсенистов, но отказалась признать буллу «Unigenitus». Попытки папы Климента XIV преодолеть раскол успеха не имели. Позднее янсенистская церковь объединилась с голландскими старокатоликами.