Людовик XIV, действуя по принципу «Один Бог, один король, один закон, одна вера», при активной поддержке католического духовенства стал все более ограничительно толковать Нантский эдикт для того, чтобы заставить протестантов принять католицизм. Жесткие репрессивно-ограничительные меры вынудили многих протестантов превратиться в «новых католиков». В 1685 г. Людовик XIV, принимая желаемое за действительное, счел, что протестантов во Франции уже нет, и отменил Нантский эдикт, предписав своим подданным исповедовать только католическую веру.

Идейные споры в рамках католической реформы привели к возникновению в XVII в. янсенизма, получившего особое распространение во Франции. Янсенизм иногда называют континентальным отражением английского пуританизма; его основными темами являлись греховность человеческой природы, милость Бога, от которой зависит спасение, и предопределение. Толкование янсенистами последнего очень близко к кальвинистскому. Янсенистские споры и конфликты то затухали, то вновь разгорались в течение XVII и XVIII вв.

Фламандский епископ Корнелиус Янсений (1585–1638), который был профессором в Лувене, в книге «Августин» (опубликована после его смерти, в 1640 г.) выступил с отрицанием догмата о свободе воли и защитой идеи предопределения. Он учил, что обращение приходит через благодать, которая является неотвратимой и которую не может познать рассудок. Янсений доказывал, что человеческая природа порочна, поэтому спасение доступно лишь немногим избранным и зависит только от милости Бога. Воззрения Янсения широко распространились среди благочестивых французов. Расположенный неподалеку от Парижа монастырь Пор-Рояль стал центром янсенизма. У янсенистов были сторонники среди французского епископата и клира, докторов теологии и рядовых верующих, среди парламентариев и влиятельных особ королевского двора. В защиту янсенистов в середине XVII в. выступал знаменитый математик Блез Паскаль, который принял это учение и был тесно связан с монастырем Пор-Рояль, где его сестра Жаклина была монахиней.

В 1653 г. папа Иннокентий X осудил учение янсенизма. Папа Климент IX (1667–1669) потратил много сил на споры с янсенистами, которые пошли на компромисс, и было достигнуто временное перемирие.

Нападки иезуитов на учение Янсения были связаны с отстаиванием им внутренней религиозности человека и отрицанием обязательности спасения через угодные католической церкви «добрые дела». По сути спор шел между двумя концепциями христианской жизни: одну отстаивали янсенисты, другую — иезуиты. Янсенисты выступали за суровый, аскетический образ жизни при страстной вере в Бога. Они добивались усилении роли низшего клира и мирян в жизни церкви, многие из них ратовали за использование на литургии французского языка вместо латыни. Янсенисты и их сторонники активно выступали с критикой казуистики и иезуитской морали, оправдывавшей любые действия, совершаемые «на благо» католической церкви. Поскольку вопреки воле французского короля часть епископата и теологов Сорбонны поддерживала янсенистов, это еще больше осложняло отношения французской церкви с Римом.