Одновременно с Контрреформацией римско-католическая церковь проводила католическую реформу, центральное место в которой занимает Тридентский собор 1545–1563 гг. Его участникам удалось выработать целый ряд новых догматических положений и определений, уточнить и скорректировать уже существовавшие формулировки. На решения собора значительное влияние оказывала протестантская реформация, поэтому они отмечены антипротестантской направленностью. Собор осудил протестантские учения об оправдании одной верой и о Священном писании как единственном источнике истины. Были осуждены предложения об отказе от целибата (безбрачия) священников, о причастии под двумя видами и т. д. Некоторые новые элементы церковной практики были осуждены лишь потому, что они использовались протестантами: например, богослужение на национальном языке. Собором были приняты решения об укреплении церковной дисциплины, о регламентировании и унификации литургии, о развитии теологических исследований, о цензуре и повышении эффективности пропаганды, о евангелизации и миссионерской деятельности. Одним из решений, имевшим далеко идущие последствия для церкви, было решение о создании сети новых учебных заведений и систематической подготовке кадров священников.

Принятая собором программа реформы римско-католической церкви была столь широкой, а трудности ее претворения в жизнь столь большими, что ее реализация продолжалась еще в XVIII в. После разработки правил реализация декретов и решений собора были опубликованы «Римский катехизис», «Римский бревиарий» (служебник католического духовенства) и «Римский миссал» (тексты для мессы, молитвы и песнопения). Был утвержден единый текст для мессы и запрещены любые формы литургии, использовавшиеся в католической церкви менее 200 лет. Папа Григорий XIII (1572–1585) реформировал календарь, использовав данные астрономии, и перешел с юлианского на григорианский стиль.

Практическая реализация решений собора в отдельных странах во многом зависела от желания и интересов их правителей, поэтому она протекала везде по-разному. Разбуженные и экзальтированные Реформацией антипапистские, антиримские тенденции усиливались действиями монархов. Европейские государи стремились добиться максимальной независимости от Рима. Так, во Франция решения Тридентского собора даже опубликованы были лишь в XVII в.

История католической церкви Франции показывает, насколько сложны и противоречивы были отношения между папой, королем, французским епископатом и светскими властями. При Людовике XIV своего апогея достигло религиозно-светское движение галликанства, уходившее корнями в XIII в. Его сторонники добивались особого статуса французской церкви в рамках католической церкви и доказывали свои права на бблыпую автономию по отношению к папе. Существовали политическое (королевское и парламентское) и церковное (епископское) галликанство. Иногда политическое и церковное направления объединялись (если, например, Людовик XIV ссорился с папой), иногда разделялись (если Людовик XIV искал себе поддержку в духовном авторитете папы). По настоянию Кольбера епископом Боссюэ была составлена четырехстатейная Декларация галликанского духовенства, в первой статье которой подтверждалась независимость королей в светских делах от церковной юрисдикция. Во второй статье напоминалось о том, что, согласно декретам собора в Констанце, над авторитетом папы стоит авторитет вселенского собора. В третьей — подтверждалась значимость традиционных свобод и канонов галликанской церкви. Четвертая статья определяла, что декреты римского папы по вопросам веры вступают в силу лишь после их одобрения французской церковью. В 1682 г. «Декларация 4-х статей» была одобрена и принята Национальной ассамблеей французского духовенства. Людовик XIV встал на защиту своих прелатов. Папа Иннокентий XI не мог одобрить притязания французской церкви, но не стал и официально осуждать декларацию из-за боязни вызвать раскол. Папа в ответ отказался утвердить назначенных Людовиком XIV 35 галликанских епископов. В результате конфликта все эти епархии несколько лет оставались без утвержденных Римом прелатов, пока король не отступил, заверив папу, что галликанская декларация не будет применяться на практике.