Природная горячность и отсутствие дипломатичности в характере патриарха, а также его излишнее желание влиять на государя сослужили ему плохую службу. Бояре сумели настроить Алексея Михайловича против Никона. Между ними начались ссоры. Царь перестал допускать патриарха до решения государственных вопросов, одновременно стремясь поставить под свой непосредственный надзор и церковное управление. Лишением Никона титула Великого государя царь дал понять патриарху, что отныне разрывает с ним узы дружбы.

В один из летних дней, после праздничного богослужения в Успенском соборе Кремля, на котором царь демонстративно отсутствовал, Никон прямо в алтаре написал ему письмо об оставлении им патриаршего престола. После этого надел простую рясу, черный монашеский клобук, взял посох, со слезами на глазах простился с паствой и как странник вышел из Кремля. Народ плакал, держал двери, но не мог удержать Никона. Он удалился в свой Новоиерусалимский монастырь. Порывистость Никона не содействовала примирению. Бояре сумели убедить царя не посылать за Никоном, будто бы предавшим государя и Церковь своим поступком.

Около 8 лет пробыл патриарх в добровольном заточении. Царя убедили созвать собор с участием восточных патриархов для низложения Никона. Патриарх Антиохийский Макарий и Александрийский Паисий в конце 1666 года открыли заседания собора. Никон приготовился к суду, причастившись Святых Таин, и приняв Таинство Елеосвящения, а затем явился на собор как патриарх, торжественно, в преднесении креста. Не видя для себя места с патриархами, он отказался сесть и простоял все время заседания, которое длилось 8 часов. Однако судьи не нашли за Никоном более тяжелых провинностей, кроме оставления кафедры. «Камнями могут побить Никона, но не словами, – сказал про себя осужденный патриарх, – хотя бы еще 10 лет собирали их». Определено было лишить Никона патриаршества и в звании простого монаха сослать на покаяние в отдаленную обитель.

Продолжая испытывать к низложенному патриарху сердечную привязанность, царь посылал Никону к праздникам подарки. Перед самой смертью он просил у него прощения. Никон хотя и плакал при получении царского послания, прощения Алексею Михайловичу не дал, считая, что в его лице государем обижена сама Церковь. 15 лет пробыл Никон в ссылке. В 1681 году, уже при царе Федоре Алексеевиче, он был выпущен из заточения, но по пути в Новоиерусалимский монастырь скончался. Погребение Никона совершил сам царь, со слезами читавший по нему Псалтирь и певший вместе с церковным хором. Через год общим решением восточных патриархов Никон был посмертно восстановлен в патриаршем звании.