Невысокий, сухонький, сутулый старичок мало у кого из соборян вызывал уверенность в том, что справится с организацией новой кафедры. Да и сам Митрофан был не рад новому послушанию. Он не мог сдержать слез при одной только мысли, что расстанется с родной для него обителью. Начались споры. Однако все решило царское слово. За кандидатуру Митрофана просил Феодор Алексеевич, часто посещавший монастырь Митрофана. И собор, уважая царское мнение, избрал на новую кафедру Митрофана.

Нового воронежского епископа в миру звали Михаил. В прошлом он был приходским священником, но, овдовев, принял монашеский постриг. Его строгая аскетическая жизнь расположила к нему монахов обители. Они избрали Митрофана своим игуменом. Став настоятелем, он не оставил подвигов. Не любя праздности, он первым начинал и последним заканчивал любое дело: летом трудился в поле, зимой расчищал снег и рубил дрова, во всем подавая пример братии. Его обитель славилась строгим соблюдением монашеского устава. «По сей день живы мы телесно, а душевно – живы ли?» – любил спрашивать Митрофан у своей братии, напоминая тем, что необходимо прежде заботиться о своей душе, а все остальное приложится.

Некоторое время после рукоположения во епископа Митрофан прожил в Москве, собираясь на новую кафедру. Здесь он стал свидетелем кровавого бунта стрельцов против государственной власти. Страшные сцены насилия поразили нового епископа до глубины души. Понимая всю тяжесть потрясений, которые легли на плечи еще юного царевича Петра, Митрофан до самой смерти старался заботиться о государственном благе. Своим нравственным авторитетом, милосердием и молитвами святитель способствовал укреплению царской власти. И Петр платил ему тем же, считая воронежского епископа своим духовным наставником.

Лишь однажды между ними произошел конфликт. Приехав как-то в Воронеж, Петр вызвал к себе Митрофана. По иноземному обычаю, царский дворец был украшен статуями языческих богов. Святитель, встретив на пороге изваяния, вернулся к себе. Петру доложили, что Митрофан был у дворца и ушел. Царь оскорбился и велел опять послать за ним. Старец отвечал посланному: «Пока государь не уберет идолов, которые соблазняют простой народ, не приду во дворец. Если надо, пусть сам идет ко мне». Услышав столь решительный ответ, Петр пришел в негодование. «Как он смеет не слушаться царской власти? Если он не явится сейчас же, то будет казнен как преступник царской воли!» – кричал Петр. Несмотря на свои патриотические чувства, святитель не боялся говорить царю правду, даже если это могло вызвать его гнев. «Жизнь моя во власти царя, – отвечал Митрофан на эту новость, – но для меня лучше умереть, чем своим присутствием или боязливым молчанием одобрять язычество и нарушить долг христианского пастыря. Не пристало православному государю ставить языческих болванов и соблазнять простые сердца». Зная строгость Петра, Митрофан поспешил приготовиться к смерти. Он распорядился готовиться к богослужению. Зазвонили в колокола. Петр, услышав благовест, послал спросить о причине. Святитель отвечал посланному: «Мне, как преступнику, словом царским назначена смерть. Готовясь к смерти, я хочу совершить последнее свое богослужение…» Когда Петру передали слова Митрофана, он был поражен решимостью святителя умереть. Не уступая никому и никогда, Петр сделал уступку для воронежского епископа. Царь приказал убрать статуи и послал успокоить святителя. На другой день Митрофан сам пришел к царю и благодарил его за уничтожение изваяний. Так Петр убедился в величии духа святителя Воронежского и еще более стал уважать его.