Созванный 29 декабря 1660 г. Согласительный парламент был настроен против индепендентов и других радикальных пуританских сект. В результате начавшихся гонений в январе 1661 г. в Лондоне вспыхнуло восстание религиозных фанатиков пуританского толка, во главе которого стоял бочар Веннер. Это выступление было быстро подавлено, но у Карла появился повод не распускать полностью регулярную армию, ставшую тяжелым бременем для налогоплательщиков, а сохранить в полной боевой готовности три хорошо обученных полка.

В новых условиях насущным оказался вопрос веротерпимости. Партия «кавалеров» желала восстановления епископальной церкви. Пресвитериане были готовы пойти на уступки при условии, что при каждом епископе будет церковный совет, рекомендации которого станут для иерарха обязательными. Карл II одобрил такой принцип церковного устройства как более отвечающий принципу религиозной терпимости. Однако королю не удалось ввести в своем королевстве свободу вероисповедания: и «кавалеры», и пресвитериане одинаково боялись католиков, ужас перед которыми стал в Англии уже генетическим.

Следующий парламент был созван королем в мае 1661 г. Он вошел в историю под названием «Кавалерского», поскольку подавляющее большинство парламентариев представляло именно партию роялистов. Одним из важнейших постановлений этого парламента стал закон, по которому парламенту запрещалось созывать народное ополчение и вести войну против короля. Важно также, что парламент узаконил практику, в соответствии с которой при вступлении в любую государственную должность человек был обязан принимать церковное причастие по англиканскому обряду. Тем самым исключалось участие в управлении государством как крайних пуритан, так и католиков. «Кавалерскому» парламенту пришлось принять активное участие и в разрешении проблем церковного устройства. В 1662 г. был принят Акт об единообразии, по которому все служители церкви и все школьные наставники до 24 августа должны были подтвердить свое полное приятие Книги общей молитвы. Однако по истечении отпущенного срока выяснилось, что около 2 тыс. человек предпочли расстаться с местом и лишиться доходов, чем покривить душой и отречься от своих религиозных убеждений, не совпадавших с официальной церковной доктриной.

Чистка церковных рядов закономерно привела к возникновению альтернативных религиозных общин, диссентеров. Первые пуритане не желали отделяться от национальной церкви, стремясь переделать ее в соответствии со своим пониманием того, какой она должна быть. Индепенденты показали пример выхода из государственной церкви с организацией самостоятельных религиозных общин. Ему последовали покинувшие церковное лоно в 1662 г. пресвитериане. Кроме того, вне англиканской церкви действовали общины баптистов и квакеров. Представители этих протестантских конфессий не пытались договориться с государственной церковью и лишь просили разрешения позволить им поклоняться Богу так, как они считали правильным. Однако такого разрешения они не получили; более того, диссентеры подвергались серьезным штрафам и даже ссылке. В частности, священнослужителям, отказавшимся письменно подтвердить свою приверженность установленной церкви, запрещалось приближаться к городам ближе, чем на пять миль. Диссентеры были опасны для монархии, поскольку при благоприятных обстоятельствах могли бы выступить против короны, как это сделали в свое время индененденты.