Однако осуществлению грандиозного плана захвата Великобритании мешал ее военно-морской флот. Одна из французских эскадр стояла в Бресте, другая – в Тулоне, где за ней бдительно следил Нельсон, много месяцев стороживший момент ее выхода в море. Бонапарт распорядился, чтобы тулонская эскадра во что бы то ни стало прорвалась в открытое море и увлекла английский флот за собой, подальше от берегов Франции. В дальнейшем кораблям Бонапарта предписывалось оторваться от преследователей и скрытно прийти в Брест, чтобы принять участие в десантировании французской армии на британское побережье.

Адмирал Нельсон действительно бросился преследовать тулонскую эскадру, дойдя за ней чуть ли не до островов Вест-Индии. Лишь когда французам удалось скрыться от англичан, Нельсон полностью осознал свою ошибку и на всех парусах повел свои корабли назад, содрогаясь при мысли, что мог предпринять Бонапарт в его отсутствие. К счастью, французская эскадра была встречена на обратном пути в Бискайском заливе английскими кораблями под командованием Роберта Кальдера, захватившего два корабля противника и принудившего остальных искать спасения в гавани Кадикса – Испания в то время была союзницей Франции. Увы, подвиг Кальдера остался без награды. Напротив, спасителя нации подвергли суровой критике. Он даже предстал перед военным трибуналом, вынесшим ему порицание за то, что он не уничтожил французский флот. Черная неблагодарность, проявленная по отношению к сэру Кальдеру, характеризует огромную веру тогдашних британцев в возможности их военно-морских сил.

Бонапарт напрасно ожидал подхода своих кораблей – воссоединению его флота помешало историческое сражение при мысе Трафальгар, разыгравшееся 21 октября 1805 г. 32 линейных корабля и 5 фрегатов под командованием адмирала Нельсона дали бой объединенным франко-испанским силам под командованием адмиралов Вильнева и Травина. Численный перевес был на стороне неприятеля – Нельсону пришлось сражаться с 33 линейными кораблями и 7 фрегатами противника. Перед боем по приказу английского флотоводца с флагмана «Виктория» был передан ставший знаменитым сигнал: «Англия ждет, чтобы каждый выполнил свой долг». Французы и испанцы были изрядно озадачены тактикой Нельсона: разделившись на две группы, английские корабли налетели на вытянувшиеся в линию корабли противника, нарушив их строй. Яростная битва, начавшаяся незадолго до полудня, завершилась еще до заката дня. Не потеряв ни единого корабля, моряки Нельсона захватили 17 и потопили один вражеский корабль. Потери французов и испанцев убитыми и ранеными составили около 7 тыс. человек, что многократно превышало урон, понесенный британскими моряками: 450 убитых и более 1200 раненых. В Трафальгарском сражении погиб и великий адмирал Нельсон – он был смертельно ранен вражеским стрелком.