По мере усиления местной знати росли сепаратистские тенденции. К тому же воинственные кочевники, оседая, переставали быть грозной силой. К концу IX в. на территории Ирана возникло несколько самостоятельных государств с местными династиями.
Раздробленная страна не могла противостоять натиску новых кочевников – Сельджуков. Это были племена туркменов, которые кочевали первоначально по Средней Азии. Название свое они получили от имени Сельджука, полулегендарного вождя племени. В стремлении к захвату военной добычи и плодородных земель (обычном стремлении кочевников) они мигрировали на юг, к границам Ирана. Один из их вождей в 20-х гг. XI в. попросил главу государства Газневидов, одного из государств на территории Ирана, принять их на военную службу и разрешить для этого поселиться на его землях. Но следом за первой туда двинулись и другие партии переселенцев – кочевников. Попытка противостоять этому натиску вооруженной силой не удалась. В 1040 г. войска газневидского султана были разгромлены, а к концу XI в. в состав государства Сельджуков вошли весь Иран, Малая Азия, Месопотамия, Афганистан и даже часть Аравии.
А затем произошло то, что уже повторялось неоднократно. В условиях земледельческой культуры кочевники все более переходили к оседлости. Знатные Сельджуки старались закрепить за собой определенные территории. В противовес этому сепаратизму султаны опирались на старый государственный аппарат из иранской знати. К началу XII в. государство раздробилось на 12 самостоятельных уделов.
Но главное вторжение кочевников было еще впереди. В 1220 г. Иран был завоеван ордами Чингиз-хана. Нашествие монголов сопровождалось страшным разорением. Города обращались в руины, цветущие оазисы – в пастбище для скота. После сдачи Термеза все население было вырезано. Балх не оказал сопротивления, сдавшись на милость победителя, но и этот город был разрушен, а население перебито. В Герате, где было несколько сот тысяч жителей, уцелело только 40 человек.
Нашествие Чингиз-хана было еще не завоеванием, а только разрушительным набегом. В 1224 г. Чингиз-хан ушел из Ирана. Но в 1254 г. монголы вернулись сюда во главе с его внуком – Хулагу-ханом, и было основано Хулагидское государство, которое просуществовало до середины XIV в.
Конечно, и Хулагиды стали раздавать в уделы своим нойонам и эмирам земли и города. Но владетели этих уделов, сохраняя традиции, не управляли этими уделами и даже не жили в них, а продолжали вести кочевую жизнь, получая только дань со своих владений. Исходя из тех же традиций к исламу они относились враждебно: их религия была более связана с буддизмом и христианством, поэтому в христианах они видели союзников против ислама. Однако со временем и в государстве Хулагидов возобладали сепаратистские тенденции, и к середине XIV в. оно распалось на отдельные владения, во главе которых стояли представители монгольской кочевой знати.