К концу 1774 года регулярные войска разгромили повстанцев, Пугачев был взят в плен (как и Разина, его сдали верные властям донские казаки). Восставших ждало жестокое возмездие. Сотни вожаков были повешены, рядовые участники – биты кнутом и сосланы. Пугачева доставили в Москву, судили и казнили в январе 1775 года; Екатерина II проявила милосердие, запретив применять пытки на суде и приказав обезглавить его перед четвертованием. После этого она попыталась стереть память о восстании, переименовав реку Яик в Урал, а Яицкое казачье войско – в Уральское. В марте 1775 года она распорядилась предать «все прошедшее вечному забвению и глубокому молчанию» – точно так же, как 20 лет спустя она и другие участники раздела Польши договорились предать забвению само название «Королевство Польское» и не употреблять его в своей титулатуре. Что важнее, по всей империи началось наступление на казацкие вольности; как уже говорилось в главах 4 и 5, центральная власть ужесточила контроль над казаками от Запорожья до Кубани. Было также введено новое трудовое законодательство для горной отрасли. Новая сеть сельских органов власти, учрежденных в рамках административной реформы 1775 года, стала намного гуще и осуществляла более пристальный надзор (см. главу 14).

Никто, однако, не задумывался всерьез об упразднении крепостного права, и тем более это не рассматривали как возможную реакцию на крестьянское восстание. Екатерина II обдумывала освобождение крестьян в теоретическом плане, имея в виду стимулирование роста населения и соблюдение принципов естественного права, что могло бы обеспечить крестьянству процветание и привести к росту сельскохозяйственного производства. В «Наказе» 1767 года обличаются дворяне, которые «не быв вовсе или мало в деревнях своих, обложат каждую душу по рублю, по два и даже до пяти рублей», ввиду того что это «уменьшает народ и земледелие»: крестьяне вынуждены покидать свои деревни ради отхожих промыслов. По инициативе императрицы Вольное экономическое общество обсуждало проблему крепостного права и в 1768 году опубликовало сочинение, призывавшее к его отмене (оно победило на конкурсе работ, посвященном улучшению условий жизни крестьян). В 1780-е годы был подготовлен проект Жалованной грамоты государственным крестьянам (по аналогии с грамотой городам 1785 года), предусматривавшей правовое оформление их статуса, наделение крестьян имущественными правами, дарование им органов самоуправления. Это документ так и не был опубликован – возможно, из боязни волнений крепостных, подобных тем, которые вспыхнули после провозглашения вольности для дворянства.