Однако под воздействием просветительских идей образованная часть русского общества согласилась с концепцией религиозного многообразия, укорененной в универсалистском по своей сути интересе ко всем знаниям, накопленным человечеством, и различиям между людьми. Читая патриотические проповеди во время войн, епископы, затронутые влиянием Просвещения, не упоминали о противниках России – европейских католиках и протестантах – как о еретиках. В этих проповедях скорее можно разглядеть экуменический подход: их авторы говорили о справедливых и несправедливых войнах, а не о религиозной вражде. Уже под конец столетия некоторые русские писатели, вдохновленные сочинениями французских вольнодумцев и масонов, – Новиков, Радищев, Щербатов, Карамзин – даже выступали за полноценную религиозную терпимость. В 1760-е годы Петр III, а за ним Екатерина II положили конец некоторым практикам, направленным на религиозную дискриминацию и принудительное обращение в православие. Уловив смену акцентов, старообрядцы и евреи в своих наказах Уложенной комиссии просили признать права, связанные с их религией (как обрядового, так и социального характера). Идеи Просвещения позволили проводить более определенную «конфессиональную» политику; власти империи считали любую официальную конфессию фактором поддержания политической стабильности, если она находилась под административным надзором государства и держалась под контролем выгодным для него способом.

При такой политике к каждой конфессии применялся особый подход, хотя все они подчинялись вышестоящей управленческой структуре. Уклонения от официального православия (староверия, униатство) встречали жесткую реакцию, о чем подробнее говорится в главе 20. Лютеране Прибалтики пользовались уважением – у российских чиновников вызывали восхищение административное устройство этих окраин, подконтрольных немецкоязычной знати, и их экономические успехи. Другие же религии вызывали беспокойство, основанное на внешнеполитических соображениях. Так, государство относилось с недоверием к католикам из-за их верности папе и потенциальной лояльности европейским католическим державам. Это беспокойство становилось еще более явным в случае мусульман (из-за страха их объединения между собой или с другими мусульманскими государствами и народами – турками, крымчанами, казахами, ногайцами и т. д.) и буддистов, проживавших на востоке, в степном приграничье, рядом с Монголией и Китаем. Меньше озабоченности вызывали не столь значительные по размерам группы, принадлежавшие к различным ветвям христианства – греки, армяне, баптисты. Отношения конфессий с государством на протяжении столетия становились все более формализованными.