Фактически Екатерина создавала для своих мусульманских подданных иерархию духовных лиц и некое подобие приходской системы, не существовавшие до этого. В обычных условиях ислам не является иерархической религией, мусульмане создают самоорганизацию на местах, не испытывая необходимости в высшей духовной власти. Мечеть во главе с имамом служит центром жизни общины, строится и поддерживается на ее деньги; и хотя исламскому миру известен так называемый вакф – имущество, передаваемое на религиозные цели, – он не был распространен в России до конца XIX века, так как подобная собственность не освобождалась от налогов. Имама выбирала и содержала община. Взятые вместе имамы (улема) не образовывали особой социальной группы, сравнимой с православным духовенством: каждый платил налоги в соответствии со своим общественным статусом, полученным при рождении (правда, в этот период духовные лица освобождались от военной службы). Как правило, при мечети имелась начальная школа, в большинстве регионов существовали также школы второй ступени – медресе.

Религиозное знание и религиозный авторитет в исламе не исходят из какого-либо центра. Все мусульманские дети, даже девочки, в идеале должны были уметь читать и знать основы Корана; имамы выделялись лишь своим благочестием и своей ученостью, а не особыми тайными знаниями или специальной подготовкой. Учителя в медресе пользовались уважением членов общины. Имелись также ахунды, знатоки шариатского права, известные в том или ином регионе. При мечети мог состоять муэдзин, аналог диакона в христианстве: он помогал имаму и также был сведущ в теории и практике ислама. В принципе, каждая община следовала указаниям своих духовных лидеров, навести единообразие в исламе никто не пытался, тем более что это было нереалистично. Мусульманские общины нельзя сравнивать с приходами – они пользовались самостоятельностью, среди имамов не существовало иерархии, своих епископов и архиепископов.

Даже среди кочевников-казахов ислам успешно распространялся, порождая особые местные институты. Духовное руководство вместо имамов осуществляли «священные» кланы, религиозное образование часто давали татарские учителя из Казани во время зимнего выпаса скота. Мусульмане в России создали так называемый исламский дискурс благодаря базовому религиозному образованию, которое получали члены общины; связь с остальным исламским миром поддерживалась через местные святилища, разбросанные по всем землям, где обитали мусульмане. Самые состоятельные совершали традиционный хадж в Мекку и Медину.