Вернадский не масон и никогда масоном не был. Тема о масонстве в XVIII веке привлекла его внимание возможностью изучить одно из значительных умственных течений этой эпохи на фоне европейских интеллектуальных исканий (и рационалистических, и мистических).

Помимо Платонова Вернадский советовался о выборе темы, а затем и ходе работы над ней с А. С. Лаппо-Данилевским. Неоценимую помощь Вернадскому оказал также Я. Л. Барсков. Барсков был в это время старшим научным сотрудником Государственного архива и досконально знал также, в каких других петербургских архивах и библиотеках имеются материалы, относящиеся к теме о масонстве.

Рукопись диссертации была готова к началу 1917 года. Платонов одобрил ее и назначил диспут на 22 октября. Защита диссертации прошла успешно, и факультет единогласно присудил Вернадскому степень магистра русской истории.

Попутно в это время Вернадский, по предложению дочери А. Н. Пыпина, Веры Александровны Пыпиной-Ляцкой, переработал, исправил и дополнил собрание статей Пыпина о русском масонстве XVIII и первой четверти XIX века (написаны были в 1870–1873 годах).

Далее, по предложению редакции очередного тома «Русского биографического словаря», Вернадский написал большой очерк о Н. И. Новикове. Новикову Вернадский уделил много внимания в своей диссертации о русском масонстве, но у него осталось большое количество неиспользованного материала о Новикове.

Издание «Русского биографического словаря» было прекращено после Октябрьской революции. Книга Вернадского о Новикове была издана отдельным томом в 1918 году.

На 1918/19 учебный год Вернадский был приглашен профессором новой русской истории в Пермский университет. (Профессором по кафедре древней русской истории был Б. Д. Греков.)

Вернадский был одним из основателей и деятельным членом Общества исторических, философских и социальных наук при Пермском университете. В первом сборнике этого общества Вернадский поместил статью «Императрица Екатерина II и Законодательная комиссия 1767–1768 годов».

Осенью 1918 года Пермь была фактически автономна и не подчинялась центральному советскому правительству. Положение изменилось к весне 1919 года. Большевики получили большинство в Пермском Совете рабочих депутатов. Из Москвы были присланы в Пермь агенты ЧК, начались аресты. Доброжелатели посоветовали Вернадскому уехать на лето, рассчитывая, что к осени положение может измениться.

Вернадский с женой уехали на юг, в Симферополь. Там Вернадский был приглашен на должность профессора новой русской истории в только что открытом Таврическом университете. Туда же перебрался из Перми и Греков, получив профессуру по древней русской истории.