Весною 1939 года Прага была оккупирована немецкой армией. Чешский университет был закрыт. Русский свободный университет попал под немецкий контроль.
Но вот произошел перелом войны. Весной 1945 года советская армия подошла к Праге с востока, а американская приближалась с запада. Пушкареву с семьей удалось уйти в американскую зону.
Во время пребывания в лагерях перемещенных лиц Пушкарев был директором и преподавателем средней школы для русских детей.
В 1949 году УНРРА начала перевозку беженцев из немецких лагерей в Америку. Пушкаревы приехали в Нью-Хейвен 21 июля 1949 года. В 1950 году Сергей Германович был назначен преподавателем русского языка в Йель ском университете (Yale University).
Борис в 1950 году поступил студентом в школу архитектуры, которую окончил в 1954 году, а в 1954–1956 годах прошел еще отделение «планирования городов».
Обзор научных трудов С. Г. Пушкарева (составлен Г. В. Вернадским).
Все труды С. Г. Пушкарева основаны на тщательной подготовке к их писанию и на глубоком знании источников и литературы предмета.
Тематически диапазон его работ очень широк. Вот главные темы, разработанные им в течение его неустанной плодотворной деятельности:
1) История русского крестьянства; происхождение поземельной общины; крестьянское самоуправление.
2) Государство-город в Северной Руси (Псков).
3) Народная основа Московского царства.
4) Донское казачество и его взаимоотношения с Москвой.
5) Значение церкви в истории России.
6) Петр Великий.
7) Ленин.
8) Россия и Запад.
К первой группе относятся брошюры Пушкарева «Очерк истории крестьянского самоуправления в России» (Прага, 1924) и большое, очень ценное исследование «Происхождение крестьянской поземельно-передельной общины» (две части, Прага, 1939–1941).
Нужно упомянуть также статьи Пушкарева The political movement and political organization of the Russian peasantry in 20-th century (в сборнике: A Systematic Source Book in Rural Sociology, P. A. Sorokin, ed., vol. II, Mineapolis, Minnesota, 1931) и The Russian Peasants’ Reaction to the Emancipation of 1861 (Russian Review. Vol. 27. No. 2. April 1968).
Ко второй группе («Государство-город») принадлежит превосходная работа «Внутреннее устройство и внешнее положение Псковского государства в XIV–XV веках» (по-чешски) (Прага, Sbornik ved pravnich a statnich, 1925).
К теме о донском казачестве относится работа Пушкарева «Донское казачество и Московское государство в XVII веке».