Через некоторое время группа партизан обвинила Попова-Пугачёва в неверном ведении боя под Усманкой. В октябре того же года в отряде произошел раскол: Кузнецов-Железный в ссоре застрелил Попова-Пугачёва и с 15 партизанами ушел. Во время этого инцидента с трудом избежал гибели и ближайший соратник Шевелёва-Лубкова Н. В. Буинцев[1315]. Как вспоминала А. Н. Геласимова, в отряде «…все время был оттенок недоверия к Пугачёву, как к быв[шему] офицеру, хотя он и был участником Красной гвардии в период 1918 года. …Пугачёв был убит своими же партизанами. <…> Дело об убийстве Пугачёва не было расследовано, а… могло бы пролить свет на состояние партизанского движения того периода»[1316].

После распада отряда Попова-Пугачёва часть бойцов во главе с М. Перцевым – соратником Попова-Пугачёва по грабежам и кутежам в Чите, взявшим себе фамилию Громов, – присоединилась к Шевелёву-Лубкову, который впоследствии отмечал, что смерть Попова-Пугачёва «осталась неотомщенной». Ушедшие с Кузнецовым-Железным полтора десятка партизан продолжали воевать вблизи Чумая[1317]. Впоследствии, 13 декабря 1919 года, отряд П. Ф. Федорца соединился с остатками отряда Кузнецова в «армию» Щегловского, Мариинского и Кузнецкого уездов. Начштаба и комиссаром «армии» был избран Корней Кузнецов-Хмелёв – по позднейшему объяснению А. Н. Геласимовой, как наиболее опытный и имевший более крупную вооруженную силу, несмотря на «склонность к пьянству, разврату и даже грабежам»[1318]. Позднее Геласимова сообщала, что Кузнецов-Хмелёв, «…хотя и являлся одним из организаторов партизанского движения в Кузбассе, был несколько анархичен, тщеславен и не любил анализировать свои поступки». Большевики приставили к нему в качестве адъютанта П. Ф. Федорца, ставшего негласным комиссаром «армии»; заместителем начальника штаба выбрали большевика Иванова[1319].

Часть популярных вожаков была ликвидирована своими или оказалась отстранена за грабежи и убийства, которые компрометировали повстанцев в глазах населения, вызывая к ним резкую враждебность. Во всех партизанских регионах предпринимались попытки «умеренных» бандитов разобраться с совершенно неуправляемыми гангстерскими шайками, разъярявшими население беспричинным насилием. Наиболее известен эпизод с расправой над уголовно-террористической командой Я. И. Тряпицына летом 1920 года в поселке Керби Сахалинской области, подробно описанный в литературе. Но были и другие случаи устранения излишне «вольничавших» полевых командиров. В Алтайской и Томской губерниях так ликвидировали Милославского, Твердохлёбова и др.