Одной из основных проблем, с которой столкнулись якобиты в эмиграции (впрочем, как и в самой Британии), стали острые внутренние противоречия. В первую очередь, почвой для них служила религия. Католики достаточно комфортно чувствовали себя в новых местах жительства, поскольку в большинстве стран, в которые эмигрировали якобиты, с давних времен существовали значительные общины их соотечественников-единоверцев. Они формировались вокруг шотландских и ирландских католических коллегий, расположенных в крупнейших европейских культурных центрах. Многие якобиты-католики (прежде всего, ирландцы) селились в портовых городах западной Франции и западной Испании, где издавна существовали анклавы ирландских торговцев. Наконец, необходимо учитывать длительную традицию службы британских наемников, особенно шотландцев, в европейских армиях. Таким образом, эмигранты-католики повсюду встречали соотечественников. Последние спонсировали новых мигрантов, помогали им установить связи с местной элитой или получить пенсии от властей.

Якобиты-эмигранты из числа протестантов были лишены этой поддержки. Среди последних были частыми случаи перехода в католицизм с целью решить свои материальные проблемы. Неравноправное положение представителей двух конфессий в рамках якобитского лагеря постоянно провоцировало между ними острые конфликты и создавало атмосферу взаимного недоверия[1678].

Другой основой для внутренних конфликтов стали межнациональные противоречия. Англичане, шотландцы и ирландцы, проживая в эмиграции, держались особняком друг от друга. Национальные общины якобитов находились в постоянной вражде. Англичане считали, что Яков II больше благоволил к шотландцам, раздавая им лучшие доходные должности. Ирландцев раздражало, что они занимают самый низкий имущественный и социальный статус среди эмигрантов[1679]. Однако, по мнению Э. Лорд, несмотря на все эти трения, тот факт, что якобиты проживали на территории иностранных государств, заставлял эмигрантов сплачиваться в изолированные от местного населения общины и налаживать контакты внутри своей диаспоры[1680].

Поскольку Яков II, большая часть его двора и эмигрантов первой волны были приверженцами Престола Св. Петра, самые большие общины якобитов находились в католических странах. После Франции наиболее многочисленная диаспора проживала в государствах Апеннинского полуострова. Якобиты были рассеяны по Неаполитанскому королевству. Община якобитов начала формироваться в Риме. В столице папского государства находился постоянный посол эмигрантского правительства Якова II. В 1689–1691 гг. этот пост был доверен графу Мелфорту[1681]. Из Сен-Жермена в Рим регулярно прибывали дипломатические миссии[1682]. С XVI в. в Риме существовала Шотландская католическая коллегия, вокруг которой сформировалась шотландская община[1683]. Эти институты служили своеобразными опорными пунктами, вокруг которых могла постепенно складываться якобитская диаспора.