Не успела партийная номенклатура прийти в себя от «мартовского шока», как уже на очередном Пленуме ЦК, прошедшем в конце ноября 1962 года, H. С. Хрущев инициирует очередную, причем по-настоящему кардинальную, реформу всего партийно-государственного аппарата в стране. Ее проведение, по мнению многих авторов, вообще не поддается объяснению с точки зрения здравого смысла и до сих пор вызывает массу вопросов и острых споров в литературе. Многие историки единодушно говорят об этой реформе как о самом наглядном примере «абсурдности и хрущевского волюнтаризма». Однако существуют и другие точки зрения. Так, академик Н. П. Шмелев[699] пытался объяснить эти новации горячим желанием H. С. Хрущева «обуздать всевластие партийного аппарата» и создать в стране реальную многопартийность, где как минимум сосуществовали бы и конкурировали между собой две полноценных партии — «промышленная» и «аграрная». Профессор Р. Г. Пихоя[700] полагал, что данная реформа, невзирая на ее первоначальный замысел, ослабила весь партийный аппарат, что объективно отвечало интересам самого H. С. Хрущева. Наконец, их оппонент профессор Г. И. Ханин[701], напротив, полагает, что данное решение стало результатом «осознания H. С. Хрущевым пагубности современной роли партии в экономике страны как важного, но безответственного элемента», и поэтому своим решением «он попытался сделать партию и все ее руководящие органы», начиная с райкомов и обкомов партии, «ответственным элементом советской экономической жизни». Более того, по его мнению, сама эта реформа находилась в русле рецентрализации советской экономики, начатой H. С. Хрущевым еще в феврале 1960 года с создания трех республиканских СНХ в РСФСР, УССР и КазССР.

Между тем впервые идея этой реформы была предложена H. С. Хрущевым еще в начале сентября 1962 года в его очередной записке, направленной своим коллегам по Президиуму ЦК. Суть новой хрущевской инновации состояла в коренной перестройке всей прежней системы партийного руководства и в полном переходе с привычного территориально-производственного принципа построения многих управленческих партийных структур, а именно: райкомов, обкомов, крайкомов и рескомов — на сугубо производственный принцип. В соответствии с решением ноябрьского Пленума ЦК, единогласно принявшего Постановление «О развитии экономики СССР и перестройке партийного руководства народным хозяйством»[702], на всей территории страны де-факто создавалась совершенно неуправляемая и во многом конфликтная система двоевластия, поскольку отныне все областные и краевые партийные комитеты разделялись на два обкома (крайкома) — по промышленности и по сельскому хозяйству. Но при этом все Бюро прежних (т. е. единых) обкомов и крайкомов партии оставались неделимыми, что только обострило ситуацию на местах. Кстати, классическим примером такого двоевластия и конфликтности двух первых секретарей стал Ростовский обком партии, где постоянно шли склоки между «промышленным секретарем» Георгием Дмитриевичем Нероновым и «аграрным секретарем» Владимиром Владимировичем Скрябиным[703]. Столь поспешная перестройка всей системы управления в стране сразу вызвала массу проблем, многие из которых носили не только управленческий характер, но и характер личного соперничества двух первых и отраслевых секретарей в областях, краях или автономных республиках. К тому же, кроме двух новых обкомов и крайкомов партии в каждой области (крае, республике), создавались и по два облисполкома, в результате чего во всех регионах страны появились два областных или краевых здравотдела, два отдела народного образования, два управления милиции, два финансовых отдела, два отдела культуры и т. д.