Нет нужды доказывать, что принятые организационные решения привели к серьезным кадровым передвижкам во всей номенклатурной обойме страны. По форме этот процесс напоминал известную «перетряску» кадров, которая весьма болезненно происходила в связи с созданием совнархозов весной 1957 года. Однако теперь она шла в противоположном направлении: не из Москвы, а, напротив, в Москву или в столицы союзных республик. Естественно, что многие «региональные бароны», поддержавшие тогда Н. С. Хрущева в немалой степени из-за его готовности передать им больше власти и полномочий, теперь же оказались недовольны принятыми решениями, повышавшими роль центра в управлении страной в ущерб регионам. Такое же недовольство, как считает Г. И. Ханин[714], вызвало и усиление борьбы с коррупцией во всей властной вертикали. Судя по той части доклада H. С. Хрущева на ноябрьском Пленуме ЦК, которая не вошла в официальную стенограмму, только за последние два года за экономические преступления было арестовано более 4000 партийных работников и вынесено более 150 расстрельных приговоров. Более того, в том же докладе H. С. Хрущев заявил об отмене довоенного Постановления ЦК, требующего решения партийных органов для привлечения членов партии к судебной ответственности, что, естественно, настроило против него немало нечистых на руку партработников. Причем впервые со сталинских времен с подачи Ф. Р. Козлова, бывшего сторонником крайне жесткого наказания для всех коррумпированных чиновников, в апреле 1961 года под раздачу попали ряд членов ЦК и ЦРК, в том числе Первый и второй секретари ЦК Компартий Таджикистана Т. У. Ульджабаев и П. С. Обносов, глава Совмина Таджикской ССР Н. Д. Додхудоев, которых не только сняли с занимаемых постов, но даже исключили из партии[715]. В мае в отставку был отправлен и глава Компартии Киргизии И. Р. Раззаков, а на вакантные посты руководителей республиканских ЦК во Фрунзе и Душанбе были назначены Т. У. Усубалиев и Д. Р. Расулов.

Кстати, еще одной особенностью кадровой политики того периода стало выдвижение на первый план крупных руководителей с огромным опытом работы в военно-промышленном комплексе. Достаточно сказать, что, помимо Д. Ф. Устинова, заместителями председателя Совета Министров СССР были назначены новый глава Госплана СССР Петр Фадеевич Ломако, председатель Комиссии Президиума Совета Министров СССР по военно-промышленным вопросам Леонид Васильевич Смирнов, глава Госкомитета по координации научно-исследовательских работ Константин Николаевич Руднев, а также постоянный представитель СССР в СЭВ Михаил Авксентьевич Лесечко. Кроме того, новым главой СНХ РСФСР был назначен Сергей Александрович Афанасьев. По мнению Г. И. Ханина[716], такое «выдвижение на первый план в руководство экономикой страны видных представителей ВПК преследовало цель перенести в гражданские отрасли организационный и технологический опыт этого самого передового сектора всей советской экономики».