Ректор семинарии намеревался отправить способного ученика в Академию, однако в 1817 году, неожиданно для всех, Иван Вениаминов женился (что делало невозможным поступление в Академию). Сам святитель вспоминал впоследствии, что лишь по случайности ректор семинарии архимандрит Павел не воспрепятствовал его женитьбе: ректор жил в городе, монастырь же с семинарией находились на другой стороне Ангары, и каждый день в учебное время ректор вынужден был переезжать на лодке через реку. Однако когда река вскрылась, переправа сделалась невозможной. «В это время мне пришла мысль жениться, и я подал просьбу без дозволения ректора получить вид на женитьбу. Не будь этого случая, конечно, ректор не позволил бы мне подавать просьбу о женитьбе».

13 мая 1817 года Иван Вениаминов, еще учащийся семинарии, вступил в брак и был рукоположен в сан диакона с назначением в иркутскую Благовещенскую церковь. По окончании курса его определили учителем приходского училища, а в 1821 году рукоположили во священники. Став священником, отец Иоанн открыл при храме воскресную школу для детей прихожан обоего пола.

Вскоре судьба молодого священника кардинально изменилась. В 1823 году епископ Иркутский Михаил Бурдуков получил предписание Святейшего Синода направить христианскую миссию на Алеутские острова для просвещения местного населения. (В то время Аляска и Алеутские острова входили в состав Иркутской епархии.) Епископ Михаил уже давно обратил внимание на отца Иоанна и предложил ему это трудное, но благородное дело. Сам святитель Иннокентий впоследствии вспоминал об этом так: «Слышал я о миссионерах, о дальних их путешествиях для просвещения язычников, но никогда на это дело не обращал особого внимания. Но вот получаю я, вместе с другими, от епархиального начальства письменное приглашение на миссионерское служение на Алеутские острова. Только прочитал я его — как будто бы что повернулось в моей груди, и я тут же объявил своим домашним: я еду. Ни советы знакомых, ни описания трудностей дальнего пути и ожидающих меня лишений — ничто не доходило до моего сердца, только как будто огонь горел в моей душе». Так началась великая миссия святителя, принесшая ему поистине всемирную славу.

Несмотря на недовольство и уговоры домашних, отец Иоанн твердо решился отправиться в путь. 7 мая 1823 года он выехал из Иркутска вместе со старушкой матерью, женой, новорожденным сыном и братом. Путешествие длилось четырнадцать месяцев, и только 20 июня 1824 года Иван Вениаминов достиг острова Уналашка — главного в гряде Лисьих островов (примыкающих к Алеутским островам).