Идеологические и политические перемены, которые последовали за широким празднованием тысячелетия христианства на Руси, были радикальными и стремительными. На XIX партийной конференции (28 июня – 1 июля 1988 г.), состоявшейся всего через пару недель после окончания юбилейных торжеств, Горбачев по существу инициировал отделение коммунистической идеологии от советской политики, сказав: «Мы не скрываем своего отношения к религиозному мировоззрению как нематериалистическому, ненаучному. Но это не основание для неуважительного отношения к духовному миру верующих людей»949. Идея отделения идеологии от политики получила дальнейшее развитие в докладе о праздновании тысячелетия крещения Руси, который директор ИНА Виктор Гараджа 1 августа 1988 г. направил в отдел пропаганды ЦК КПСС. Гараджа утверждал, что партии удалось вывести юбилей «за рамки чисто церковного праздника», и расценил это как событие, имеющее «важное культурно-историческое и политическое значение». Он также отметил, что первоначальные попытки партии «ограничить» масштаб празднования и «придать ему исключительно религиозный характер» были ошибочны, что позволило «буржуазно-клерикальной пропаганде» заработать «идеологический капитал»950. В то же время Гараджа отметил, что масштаб юбилейных торжеств дезориентировал рядовых членов партии. Это также мобилизовало консервативные антиперестроечные элементы, которые «под флагом борцов за „воинствующий атеизм“» теперь обвиняют саму партию в богоискательских тенденциях и в «заигрывании с религией и церковью». Советское общество тем не менее определенно отвернулось от атеизма. Опросы общественного мнения вскоре после юбилея показали следующее: 41,4% опрошенных считали, что атеистическая работа принесла больше вреда, чем пользы, 34,3% считали, что она была бесполезной, и только 24,3% увидели в ней хоть какой-то смысл. С точки зрения Гараджи, это подчеркивает, что встреча Горбачева с патриархом и последующее празднование тысячелетия крещения Руси имели «принципиальное значение» и означали «официальное признание того, что религиозные организации могут и должны найти свое место в решении стоящих перед всем нашим обществом задач»951.

В 1989 г. партийные теоретики продолжали размышлять об «атеистическом аспекте работы партии по идеологическому обеспечению перестройки», признав необходимость не только изменить подходы к атеистической работе, но и пересмотреть марксистскую позицию по вопросу о значении религии в социалистическом обществе. Религиозность, как говорилось в докладе Гараджи, остается массовым явлением и «представлена практически во всех социальных и национальных средах». Даже если советское общество «в целом» может считаться светским, «миф о социализме как обществе, свободном от религии, подталкивает к попыткам преодолеть религию». Если в теории этой цели предполагалось достичь «за счет идеологического воздействия, т. е. „перевоспитания“ верующих в атеистов», то на практике это вело к применению «административно-командных методов». Теперь стало ясно, что такая форма атеистической работы «не только не эффективна, но нередко сопряжена с серьезными политическими и идеологическими издержками». В условиях «социалистического плюрализма мнений», сохраняющейся массовой религиозности и «активной деятельности религиозных организаций» автор доклада предлагал, что было бы важно «четко разграничить два аспекта в отношении партии к религии и церкви – политический и мировоззренческий, т. е. исключить возможность перевода мировоззренческой противоположности марксизма и религии в русло политической конфронтации коммунистов с верующими». Короче говоря, если религия сохраняется в «долгосрочной перспективе», существенно важно «обеспечить консолидацию общества на платформе обновления социализма» – задача, которая потребует «сотрудничества верующих и неверующих, нормальных государственно-церковных отношений»952.