Когда после смерти Сталина в 1953 г. Хрущев вернулся к религиозному вопросу, религия стала расцениваться как идеологическая проблема. После того как идеологическая кампания, развернутая в июле 1954 г., привела к «грубому администрированию» в отношении церкви и верующих, ЦК КПСС издал постановление от 10 ноября 1954 г., где указывалось, что теперь религию следует считать не политически враждебной силой, а скорее чуждой идеологией. Поскольку и сама православная церковь, и верующие теперь считались «патриотичными», религия больше не представляла политической опасности для советской власти, но по-прежнему обладала способностью разлагающе воздействовать на сознание советских людей и тем самым препятствовала дальнейшему движению по пути прогресса. В соответствии с хрущевским проектом построения коммунизма религию следовало истребить на корню, чтобы воспитать в советских людях коммунистическую сознательность.

Поскольку передовой фронт войны с религией теперь проходил через сознание советского человека, воинствующий атеизм раннего советского периода уступил место научному атеизму. Целью атеистической работы при Хрущеве было развитие научно-материалистического мировоззрения, и для достижения этой цели государство применяло две стратегии. Первая – осуществлявшаяся правительственными чиновниками, в чью компетенцию входили дела религий, – включала закрытие культовых учреждений, роспуск религиозных общин и резкое снижение активности церкви путем установления новых правовых и финансовых ограничений как для религиозных организаций, так и для духовенства. Вторая стратегия – проводившаяся через партийные органы и общественные организации, такие как общество «Знание», – предполагала распространение научного просвещения через формальное и неформальное образование, средства печати и публичные лекции. Результаты были неоднозначны. К концу кампании, в 1964 г., более половины культовых учреждений в стране было закрыто, а энтузиазм советских людей в отношении освоения космоса свидетельствовал, что они восприняли научное просвещение. Но, взявшись за социологическое изучение советского общества, специалисты по научному атеизму выяснили, что закрытие церквей не повлекло за собой ожидаемого сокращения числа религиозных обрядов или сумм церковных доходов, а научное просвещение не всегда порождало атеистические убеждения. Урок хрущевской антирелигиозной кампании для советских атеистических кадров состоял в том, что многим советским людям оказалось нетрудно примирить науку с религией, а веру или неверие с религиозной обрядностью. Многие по-прежнему опирались на религию как на источник моральных норм, традиций и ритуалов перехода. Таким образом, религия продолжала формировать умонастроения и быт сообщества, семьи и отдельных людей.