Вл. Антоний развивал свои прежние идеи о «воинствующей Церкви», исходя из чего настаивал на необходимости Церкви иметь своего военачальника (т. е. Патриарха). Соглашаясь с тем, что до революции 1905 г. Православная Церковь была подчинена обер-прокурорам, архиепископ особо подчеркивал необходимость того, чтобы она была свободна «в своем дальнейшем управлении и жизни». При этом он подчеркивал, что теперь Церковь стеснена не в своем высшем управлении, но «должна ежегодно трепетать и за тот скудный кусок хлеба, которым питаются ее служители»⁴¹, имея в виду ежегодное утверждение синодальной сметы многоконфессиональной Думой.

Впрочем, вл. Антоний стремился не только доказать светским властям, что «Патриаршество есть не ограничение самодержавия, а самая надежная его опора», но и снять груз политической ответственности за непроведенный Собор с самого венценосца. Если бы газетным консерваторам, считал архиепископ, не удалось бы очернить и оклеветать желания Св. Синода в марте 1905 г. и Св. Синод мог бы доложить царю, «что поместная Церковь почти 200 лет была насильственно лишена своего главы», то император Николай п сам бы возвратил Церкви Патриарха, признав «главою ее либо первенствующего по чести Иерарха, либо Иерарха, занимающего патриаршую кафедру, предоставив назначение дальнейших Патриархов обычным порядком»⁴², (т. е. на Соборе). В статье 1911 г. Волынский архиерей писал, что царю не доложили (из-за «неразумных и неискренних» газетных консерваторов) об отсутствии законного церковного главы, по сути требуя от самодержца решения самой животрепещущей церковной проблемы! Раз Собор никто, кроме Патриарха, законно собрать не может, считал вл. Антоний, то «Собор может быть созван по Высочайшему соизволению Патриархом, но самый Патриарх (первый) может быть провозглашен Высочайшим определением и манифестом»⁴³. Получалось, что Собор — вторичен (с точки зрения российских реалий), а избрание Патриарха — главное дело, в решении которого и заключен будущий успех остальных церковных реформ. Алогизм подобного заключения, на первый взгляд, совершенно очевиден: еще Московский митрополит Филарет (Дроздов) в XIX веке отмечал, что разница между первенствующим членом Св. Синода и Патриархом невелика, а «восстановлять Патриарха было бы не очень удобно: едва ли он был бы полезнее Синода. Если светская власть начала тяготеть над духовной, — писал митрополит, — почему один Патриарх тверже вынес бы сию тяжесть, нежели Синод?»⁴⁴