В день, когда р. Гершон все же собрался покинуть город, иерусалимские евреи окружили его в доме учения. Они „начали плакать“ и „до такой степени разбили сердце“ р. Гершона, что он в конце концов согласился. Иерусалимские евреи „возрадовались великой радостью“ и в тот же день арендовали для нового раввина роскошную квартиру и дом учения, где бы он мог обучать Торе. Они вручили р. Гершону ключи и снарядили посланца, который должен был за их счет привезти из Хеврона жену и детей раввина. Но, когда р. Гершон сел, чтобы написать письмо жене, он внезапно „почувствовал, что его рука обездвижилась“, будто скованная параличом. Он сказал иерусалимцам: „Братья мои! Разве вы не видите, что все это не угодно Всевышнему?!“. Его снова „принялись убеждать“, но он „ощущал великую грусть — будто все печали Йерушалаима обрушились на него“.

Так и не сумев написать письмо, р. Гершон сам отправился за семьей, но к нему приставили специальных посланцев общины, которым поручили следить, чтобы он „не передумал и не остался“ в Хевроне.

И все же р. Гершон не вернулся — спустя несколько недель в Иерусалиме вспыхнула эпидемия, „унесшая жизни двухсот евреев, в том числе и нескольких выдающихся мудрецов“, и ашкеназская община в городе перестала существовать. „Лишь тогда, — приписал р. Кутовер в завершение письма, — я осознал величие того чуда, которое совершил со мной Б-г, прославляемый во веки веков!“ (Гинзей нистарот 66; Сарей амеа 6:7).

В последующие годы р. Гершон Кутовер все же возвратился в Иерусалим, где занимался в ешиве кабалистов Бейт Эль, возглавляемой выдающимся мудрецом из р. Сар-Шаломом Шараби (Рашашем)».

С учебой в ешиве р. Шараби связана еще одна история р. Гершона, приключившаяся, видимо, в последний год его жизни, когда в Земле Израиля произошла очередная засуха. По иерусалимскому обычаю, р. Шараби объявил пост и молитву о дожде, вести которую решил получить р. Гершону.

По тому же обычаю хазан по окончании молитвы должен был прочесть проповедь, причем поскольку все, кто учился в этой ешиве, были большими знатоками Торы, то в проповеди огромное значение придавалось точности цитирования на память Гемары; ошибиться в одном слове значило навлечь на себя позор в глазах остальных молящихся. Поэтому р. Гершон всю ночь готовился к проповеди, переволновался и к утру обнаружил, что у него сел голос, и он не может вести общественную молитву.

Делать нечего — р. Шалом Шараби послал к Ковчегу другого хазана. Но к середине молитвы к р. Гершону вернулся голос, и р. Гершон был послан к Ковчегу, с чувством прочел «Амиды», затем перешел к покаянным молитвам, но неожиданно снова прервался, покинул свое место и отказался продолжать чтение. Когда же у него попросили объяснить свое поведение, он ответил: «Начало молитвы легко текло из моих уст, и я почувствовал, что если продолжу читать покаяния, то дожди пойдут немедленно. И побоялся я, что овладеет мной дух гордыни, и потому я не молился. Но я точно знаю, что дожди пойдут через два или три дня». И так оно и было.