Отец Исаакий принял настоятельство в трудное для России время: только что началась война; вскоре начали все более резко обозначаться признаки грядущей революции… Он действительно, как и предсказал в 1884 году блаженный Василий, был последним настоятелем Оптиной, этого мощного духовного корабля… Постепенно, в ходе войны, нарастали трудности быта, но с этим-то оптинцы охотно мирились. Нужно было другое — помогать бедствующим, как это традиционно делали в смутные времена русские монастыри. Народ, теряя возможность пропитания и ослабевая, теснился возле монастырских стен. Здесь находил сочувствие и помощь.

Начали прибывать беженцы из тех мест, где шли сражения… С согласия старшей братии отец Исаакий отдал одну гостиницу для беженцев, другую — под сиротский приют, который и обеспечивала всем нужным Оптина пустынь. Сами же монахи сели на скромный хлебный паек, который со временем постепенно уменьшался.

На фронтах, после первых успехов нашей армии, наступила полоса неудач. Но вот Государь повелел привезти на передовые позиции древнюю чудотворную Владимирскую икону Божией Матери, которую переносили из одного полка в другой, служа молебны в поле, в лесу, где придется… Вот такие молебны служил там, на фронте, преосвященный Трифон, прикомандированный к армии как священнослужитель, исполняющий все нужные требы. Воевали и сыновья Великого князя Константина Константиновича — все пятеро. 27 сентября 1914 года во время конной атаки на немцев был смертельно ранен и вскоре умер князь Олег Константинович (родной брат троих будущих алапаевских мучеников). Государь принял на себя обязанности Главнокомандующего и почти все время находился в Ставке, сын его, наследник Цесаревич Алексей, по большей части находился здесь при нем. Армия воспрянула. Неудач больше не было, да и снабжение ее боеприпасами стало своевременным и бесперебойным.

Так бы и шло, если бы не массовое ослепление русских интеллигентов, чиновников, да и рабочих, а вскоре и высших военных чинов некими «свободами», бороться за которые неустанно призывала тайная и явная вражеская пропаганда. Немецкое золото питало либеральные и социалистические силы России, то есть предателей своей страны. Из таких вот предателей в основном состояла и Дума. Крупнейшие европейские страны и Соединенные Штаты Америки были заинтересованы в крушении России во всех смыслах — религиозном, экономическом, военном… Даже союзники наши по войне. Изменнические настроения крепли в среде, окружающей и самого Государя. В 1914 и 1915 годах это еще не было так явственно, как в последующие два предреволюционных года.